我们这些年一直在《生信技能树》上面分享过部分docker教程， 但是也说不清楚为什么docker一直没有conda那么流行，教程目录如下： Continue reading →

文章标题是：《Pan-cancer single-cell RNA-seq identifies recurring programs of cellular heterogeneity》，链接是 https://www.nature.com/articles/s41588-020-00726-6 值得细读！ Continue reading →

乳腺癌研究领域里面BRCA1基因知名度无需方法强调了，毕竟 BRCA1基因的全称就是乳腺癌1号基因，于1990被研究人员确定，它是遗传性乳腺癌有关的基因，所以命名为乳腺癌1号基因，英文简称BRCA1。其实，还有一个姐妹基因BRCA2 ，在1994年被确定。 Continue reading →

今天给大家安利一个可以免费报名参加的生物信息线上学术会议：BioC Asia 2021。会议下周就要开始了，先把注册链接放在这里，感兴趣的小伙伴赶紧报名吧：点这里注册参会。 Continue reading →

最近有粉丝提问，他的差异分析跟一篇nature文章的差异分析结果交集少得可怜，不知道自己哪里错误了。 Continue reading →

最近在实习生在处理一个单细胞转录组数据集的时候，发现该研究的全部10x样品里面居然有5个是无法读取的， 所以像我求助。 很有意思。文章是：《Single-cell transcriptomic analysis of the tumor ecosystems underlying initiation and progression of papillary thyroid carcinoma》: Continue reading →

通常情况下我们是在自己的Windows或者Mac电脑使用R语言，出图，每一个步骤都是动态交互并且随时随地的可视化。 Continue reading →

前面我们单细胞天地和联川生物联合分享了单细胞样品制备心得，系列目录如所示： Continue reading →

看到了一个有意思的新闻：https://www.brown.edu/academics/physics/news/2021/11/brown-physics-student-manfred-steiner-earns-phd-age-89 Continue reading →

我们周末班准备工作主要就是希望大家学会安装R包 http://www.bio-info-trainee.com/3727.html Continue reading →

RNA-seq数据分析我们分享了很多，有RNA-seq数据分析经验的小伙伴都会觉得很简单，直接把fastq格式的测序数据比对到合适的参考基因组，然后根据匹配的基因组注释文件去定量就可以拿到表达量矩阵。后续就是基于表达量矩阵的差异分析，富集分析！ Continue reading →

有学员提问， 为什么他看到了一个基因，如下所示，居然有两个id，看起来就非常的诡异，让他百思不得其解。 Continue reading →

前些天我们在《生信技能树》公众号的一个教程：这也能画？，我提到了一个很无聊的R包，名字是：scRNAstat ，它可以4行代码进行单细胞转录组的降维聚类分群，其实完全没有技术含量， 就是把 Seurat 流程的一些步骤包装成为了4个函数： Continue reading →

考虑到很多学员都在咨询如何根据肿瘤样品的表达量矩阵信息，来推测其可能的药物敏感性，所以我们整理了两个R包的用法，以及部分可视化策略。目录如下： Continue reading →

来源于《肿瘤论坛》公众号 ，作者上海胸科 张波的公众号推文，临床研究阴性阳性结果解读 Continue reading →

背景介绍:

DNA 甲基化是一种表观遗传标记，可限制染色质的可及性，并在器官发生过程中调节时空基因表达。Dnmt1 是研究最多的 DNA 甲基转移酶之一，它主要参与保存进行有丝分裂的细胞中的 DNA 甲基化模式。其中Dnmt1 在胚胎肺内胚层中的作用已被发现，但其在胚胎肺中胚层的扩张、维持和分化中的作用还未见报道。GSE175640单细胞数据集，表明 Dnmt1 是胚胎肺中胚层正常发育至关重要。敲除胚胎肺中胚层中的 Dnmt1，发现 Dnmt1 严重影响胚胎脉管系统的发育和中胚层对肺间充质细胞谱系。 Continue reading →

最近在整理表观相关技术文献，包括各种甲基化芯片技术，27k,450k,850k，以及甲基化测序的 WGBS和RRBS其实它们应用，最后也是构建各种模型，比如分子分型啊，细胞比例他推断啊，分类模型或者预后模型。而且这个分类模型的AUC高到令人瞠目结舌，比如2018的的文章，标题是：《A novel discriminating colorectal cancer model for differentiating normal and tumor tissues》链接是：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30324808/ Continue reading →

先分享一个民间科学家的小故事，他们证明了螃蟹的耳朵长高在腿上 ： Continue reading →

这两个月单细胞市场上最劲爆的消息应该就是我们《生信技能树》和《单细胞天地》等公众号都推出来的 10X单细胞转录组钜惠套餐，详见：2个分组的单细胞项目标准分析，原价15~20万的6个10x单细胞转录组套餐，现价10万。 Continue reading →

最近有小伙伴抱怨自己硕士毕业后入职某国内本土药企，但是工作内容仍然是高校培养事情的文章撰写，而且居然要求还降低了，之前还被导师压榨着要出英文SCI，现在公司仅仅是要求一堆凑数的中文文章即可，还有一大堆莫名其妙的专利申请。 Continue reading →