公众号后台看到了很多人提问如何安装一个免疫治疗数据队列包， IMvigor210CoreBiologies ，因为它是一个100多M的压缩包文件，在 http://research-pub.gene.com/IMvigor210CoreBiologies/packageVersions/ 网页可以看到： Continue reading
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Monthly Archives: 2月 2022
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免疫组化和RNA-seq数据你更相信哪个
目前的生命科学领域研究仍然是“草莽”阶段，基本上落脚点都需要是一个基因。可以是该基因在不同分组有差异，或者说该基因的高低跟肿瘤病人的生存情况关联起来了。 Continue reading
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真的有人相信仅仅是两次差异分析的交集就能定位目标基因吗？
对两次差异分析取交集的思路，被滥用最严重的就是数据挖掘领域，有一个 ESTIMATE 算法，是根据肿瘤样品转录组测序数据表达量矩阵来推断其肿瘤微环境构成，主要是肿瘤纯度，基质细胞和免疫细胞。 Continue reading
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类器官外显子测序数据标准分析
以 Clinical & Translational Immunology 2021; 文章为例，标题是：《Patient-derived organoids of bladder cancer recapitulate antigen expression profiles and serve as a personal evaluation model for CAR-T cells in vitro》，是中国深圳的中科院先进院的团队的研究成果。 Continue reading
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快速检查迄今为止世界上最大的胃癌单细胞队列数据质量
在朋友圈看到了一个单细胞文献快讯：杜克-新加坡国立大学医学院和新加坡科学技术局基因组研究所等机构的研究人员在 Cancer Discovery 期刊发表了题为：《Single-cell atlas of lineage states, tumor microenvironment and subtypespecific expression programs in gastric cancer》 的研究论文。 Continue reading
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看起来全部的报错但是R包居然是安装并且成功加载
给一个学员设置R语言安装以及R包环境，遇到了一个超级有意思的现象，首先呢，在中国大陆网络设置太难了，不出意外GitHub在线安装失败： Continue reading
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九百万多吗
相信关注单细胞的小伙伴最近应该是都会被一则新闻刷屏：鸿星尔克，豪掷 900 万进军本土单细胞测序领域！ Continue reading
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静待花开
最近在朋友圈看到了一幅漫画：等一朵花开需要很多耐心和微笑：
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假如你的两个分组真的就是都有且仅有一个样品该如何做差异分析呢
前面的教程：把火山图做成烟花图 ，我们批评了一个学员做差异分析时候的错误的思路，就是把每个分组里面的单个样品简单粗暴的复制粘贴3次充当生物学重复，会导致计算得到的p值如此的诡异。 Continue reading
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甲基化捕获测序能否替代450K
任何一个新技术，在蓬勃发展的过程中肯定是少不了大量的测评研究，从技术细节，平台， 软件工具算法多个维度的对比探索。 Continue reading
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加载同样的包每次报错还不一样
因为前面的Mac电脑键盘掉漆，而且tab键失灵，恰好新学期学生优惠开始了 ，就顺便换了个新Mac。配置环境后出现了超级诡异的事情，前前后后折腾了两三天，值得分享一下： Continue reading
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基因组不同区域的不同组蛋白修饰的生物学意义不一样
因为基因组不同区域的不同组蛋白修饰的生物学意义不一样，所以研究它就不得在不每个项目里面做很多数据，很烧钱，比如 Roadmap 表观计划，通常是：6种 chromatin marks H3K4me3, H3K4me1, H3K36me3, H3K27me3, H3K9me3 and H3K27ac) Continue reading
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这个是单细胞混的最惨的一次
最近课题组的文献分享交流，有一个小伙伴讲的是最近的一篇nature文章：《ecDNA hubs drive cooperative intermolecular oncogene expression》, 有点复杂，不仅仅是有多组学，还有单细胞。如下所示： Continue reading
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肺癌样品里面的正常的上皮细胞是什么（单细胞CNS图表复现23）
前面我们已经成功完成了《CNS图表复现专辑》的前20个关键图表的复现，现在开启第二波图表复现，会大量触及到补充图表。 目录及前面的代码总结 CNS图表复现专辑第二波开启 。 Continue reading
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肿瘤拷贝数变异的差异分析应该以这个肺癌脑转移为标准
最近蛮多粉丝在咱们《生信技能树》公众号后台咨询在肿瘤拷贝数变异数据分析，我以为说的是单细胞的inferCNV和copykat呢，因为前两天恰好分享了 比较了copykat和infercnv这两个从单细胞转录组数据推断肿瘤拷贝数变异技术差异 ，但是仔细跟粉丝在公众号后台对话才方向人家结果居然真的是咨询肿瘤外显子得到的肿瘤拷贝数变异信息。 Continue reading
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B细胞可分泌GABA需要单细胞数据证明
看到了朋友圈转发一个最新的（November 2021）发表在nature杂志的研究成果，日本RIKEN的科研团队首次发现，B细胞竟会分泌一种神经递质——γ-氨基丁酸（GABA），进而抑制细胞毒性T细胞功能、促进肿瘤相关巨噬细胞分化，抑制抗肿瘤免疫！除去B细胞之后，小鼠体内的抗肿瘤免疫也变强了。 Continue reading
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4T1这个TNBC小鼠肿瘤模型的CAFs异质性
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6种免疫细胞的850K甲基化芯片和转录组测序数据资源
看到很多小伙伴翻来覆去就是TCGA数据挖掘，而且绝大部分都仅限于转录组数据，虽然会根据基因性质拆分成为蛋白编码基因和非编码，但是数据多样性真的好有限。非常有必要系统性整理一些公共数据资源推广开。 Continue reading
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7种肠道正常上皮细胞亚群标记基因是否有可取之处
最近在朋友圈看到了12月14日发表在Cell 杂志的文章：《Differential pre-malignant programs and microenvironment chart distinct paths to malignancy in human colorectal polyps》，研究团队对患者同一息肉样本完成scRNA-seq、外显子组（Exome-seq）、多重免疫荧光（MxIF）及多重免疫组化（MxIHC）分析。 Continue reading
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把火山图做成烟花图
差异分析，大家都喜欢两个分组的比较，但实际科研项目，往往是比这复杂，多达十几个甚至几十个分组也不稀奇。之前的教程：[多分组的差异分析只需要合理设置design矩阵即可] Continue reading