正常走cellranger的定量流程即可，代码我已经是多次分享了。参考：
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Daily Archives: 2022年9月12日
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10x的单细胞ATAC上游流程之cellranger-atac
前面我们组建的《 单细胞多组学上下游全打通 》的微信交流群，提到了该文章的数据集PRJNA768891里面的 atac的10x的单细胞，在ena下载是没有用的，必须去ncbi的sra下载，然后自己转fq文件。见：单细胞数据在ENA数据库和NCBI的SRA是有区别的