Monthly Archives: 2月 2024

二 23

这4个工资待遇范围哪个不是事实呢？

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最近不间断的偶尔看了看一些博士后招聘职位，中国大陆地区的基本上都得满足下面的3个要求：
3个要求
感觉蛮有意思的，关于这个35岁以下才能进站做博士后的硬性条件。所以我在为什么美帝那边的博士后不限年龄呢 提出来了一个开放性的问题给大家讨论，为什么国内的博士后和普通人工资待遇可以相差5到10倍，而美帝最多一两倍差距呢？ Continue reading →

二 23

又吸烟又酗酒的医生真的能成功劝服病人戒烟戒酒吗

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刷到了朋友圈医生朋友们转发的2017的一篇文章《Unprofessional content on Facebook accounts of US urology residency graduates》是针对医生社交帐号的研究，表明40% 的医生的社交平台可能存在令人反感的内容，包括脏话、酗酒、工作或会议中的不专业行为、以及具有性暗示的姿势或服装。。。 Continue reading →

二 23

有一些软件不应该是使用conda的默认安装

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自从我们运行了生物信息学奇迹产品《共享服务器》之后，遇到了大量的服务器使用场景的小白提问。怕大家误解以为是我们服务器问题，我只好亲力亲为尽可能的辅导大家生物信息学基础知识点，比如有一些软件不应该是使用conda的默认安装，否则就会出现如下所示的问题！ Continue reading →

二 23

亚群细分及表型相关的关键亚群鉴定

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前些天在《生信技能树》的微信视频号做了一个肿瘤单细胞转录组的数据分析直播，文章是：《Delineating the dynamic evolution from preneoplasia to invasive lung adenocarcinoma by integrating single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics》详见：换一个分析策略会导致文章的全部论点都得推倒重来吗。
其中第一层次降维聚类分群后给出来了合理的生物学命名，详见：肿瘤单细胞转录组的第一层次降维聚类分群， 整体来说这个复现的代码在百度云分享给大家：链接：https://pan.baidu.com/s/1niFqyAiUU3yXK1W26b8RvQ?pwd=nbmj
如下所示： Continue reading →

二 23

学正宗的空间单细胞就得跟着10x官网

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在朋友圈看到了10x（10x Genomics）的销售转发了前两天他们在广州会议的录屏的学习地址，是他们的官方网站，就进去看了看，简单的注册就可以学习啦！里面的视频分门别类很清晰，有《单细胞测序入门大讲堂 》相关的单细胞转录组数据处理技巧的分享，也有各种研讨会的录屏以及新品推介会，还有些cns级别的文章的分享，值得学习！ Continue reading →

二 23

咸鱼小红书有特价

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最近被小红书和知乎上面的藏头露尾的陌生人疯狂diss，借这个机会让我了解了这两天平台，大家可以在上面分享自己的学习心得并且做项目，很简单的50块钱100块钱随手就可以挣一下。确实是性价比很好，如果你找我来干活，我收费肯定是很贵的。大家去医院挂号也知道，主治医师，副主任和主任挂号费本来就不一样啊，我作为生物信息学自媒体领域第一人，我要是收费50块钱100块那么那些初学者不就是没有市场了。。。。 Continue reading →

二 23

院长开辟实验室先招生信（西湖大学成立新医学院）

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在交流群看到了西湖大学医学院董晨教授实验室科研助理招聘启事，实验室发展需要特招聘科研助理（实验室管理员）1名、科研助理（生物信息分析员）1名。
因为实验室管理员大部分情况下是行政工作，所以从技术角度来看，董晨院长开辟实验室先招生信了！ Continue reading →

二 23

我以为300万个单细胞已经很牛

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回顾了一下早期整理的单细胞文献，发现了一个2022的文章《Transcriptomic diversity of cell types across the adult human brain》里面提到了一个大脑单细胞研究，是 606 high-quality samples covering 106 dissections across ten brain regions, 里面有超过300万的数量的单细胞，如下所示： Continue reading →

二 23

我没有资格骂Seurat的更新吗

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目前Seurat都已经更新到了V5，假如你不喜欢最新版的Seurat包的单细胞理念，我也是在几百个交流群里面被成百上千人问到了它V5版本的数据结构问题，烦不胜烦啊。我很清晰的摆明了自己的态度， 就是不喜欢它这个“重大”升级，而且我也号召了自己的粉丝们半年内不要升级它：它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包
主要是因为我们依赖于这个V4的版本的Seurat流程做出来了大量的公共数据集的单细胞转录组降维聚类分群流程，100多个公共单细胞数据集全部的处理，链接：https://pan.baidu.com/s/1MzfqW07P9ZqEA_URQ6rLbA?pwd=3heo，而且也有海量的配套视频教程在b站，视频号等渠道，基本上大家能看到的中文笔记都是我们分享的。。。。
但是，我表明态度的多个推文里面都被“匿名者”阴阳怪气的怼了一下，说我这样的写教程（英文教程搬运工）的渣渣没有资格骂开发者。。。 Continue reading →

二 23

为什么要学生物信息学呢

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有的人就是生物信息学本科专业或者硕博士研究生培养方向，所以对科班出身的小伙伴来说无需回答这个问题，学生物信息学不需要理由，不学才需要！
但是，对绝大部分人来说无论是主动还是被动都是选择的生物信息学学习，就我自己来说妥妥的实验室手残党，浪费试剂不说还容易粗心大意的被试剂残害身体。因为毕竟是已经在生命科学领域有了4年本科这样的时间上的“沉没成本”，想一次性转计算机也有点难或者说有点不舍，所以选择生物信息学数据分析也是顺理成章的。
但是，大家呢？大家的背景千差万别，有基础医学有临床医学，有动植物这样的农口技术研究，有微生物有海洋资源研究，但是大家最终都选择了关注我们生信技能树，选择系统性学习这个数据分析技术，肯定是有自己的原因吧？都是怕生命科学领域的实验设计致癌吗？ Continue reading →

二 23

图表代码复现是否有意义先不谈但是它起码有钱拿啊

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最近我们《生信技能树》被恶意满满的陌生网友在知乎和小红书疯狂diss了，我已经在我们《生信技能树》视频号里面直播回复了它们了，所以目前释然啦。（感兴趣的可以去看视频号回放）

其中，那些藏头露尾的家伙攻击我们的一个点是我们写的很多教程都是图表代码复现，嫌弃我们这些年分享的比较有点初级，如下所示： Continue reading →

二 23

它想强迫我升级一系列seurat相关的单细胞R包

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之前写的很多单细胞笔记都是基于V4版本的Seurat系列包，其中SeuratData 是 R 语言中 Seurat 包提供的一个数据包，旨在为使用 Seurat 进行单细胞RNA测序分析的用户提供方便的测试数据。Seurat 是一款用于单细胞转录组学分析的强大工具，而 SeuratData 数据包则包含了一些用于练习和演示的标准数据集，帮助用户学习和熟悉 Seurat 的使用。

SeuratData 可以用于教学和演示目的。在学习 Seurat 的时候，用户可以使用这些数据集来尝试不同的分析步骤，了解 Seurat 包的各种功能。比如我们经常使用的是pbmc3k这个数据集： Continue reading →

二 23

数据分析有错误并不可怕，造假才不可饶恕

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最近学徒在交流群里面点名了一个新鲜出炉（ 2023年12月5日）的cell期刊的文章，因为里面有常规转录组，单细胞转录组，以及空间单细胞转录组，主流生物信息学技术都被囊括了，非常适合初学者练手。通讯作者是中山大学孙逸仙纪念医院的苏士成，他最近非常出名，被选为2023年“新基石研究员”，获2500万元资助。

这个文章标题短小精悍：《Choroid plexus mast cells drive tumor-associated hydrocephalus》，相关数据在：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE207546

可以看到是常规转录组，单细胞转录组，以及空间单细胞转录组，如下所示： Continue reading →

二 23

数据备份要追溯到五年前

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五年前我做了一些ngs数据分析教程，当时是为了给学徒演示数据分析的基础概念，也录屏上传到了B站：