今年的暑期实习生开启了他的单细胞学习笔记系列，就是《暑假一起学单细胞》，其中第二讲是 一文搞定基本cellranger定量，就有小伙伴留言说：用最新版本的cellranger出的单细胞数量比老版本的多很多，该怎么办？ Continue reading →

前面我们直播了转录组测序后的表达量矩阵的下游分析标准代码，其中为了方便大家复现，我们使用了人类的airway数据集，它表达量矩阵整理代码如下所示： Continue reading →

可以怎么说， 但凡是使用单细胞技术的科研课题，都是“幼儿园”水平，实验设计肯定是几十年前的甚至几百年前的，区别是N多年前大家是使用癌症和正常对照看其它技术指标，而现在大家看的单细胞指标，基本上都不会有科学含金量。大家拼的就是经费，燃烧吧广大劳动人民的血汗钱。 Continue reading →

之前我们介绍了：这近100种单细胞亚群的2348个标记基因好用吗，提到了作者这里并不是采用我们标准的单细胞可视化标记基因的方法。以前我们做了一个投票：可视化单细胞亚群的标记基因的5个方法，下面的5个基础函数相信大家都是已经烂熟于心了： Continue reading →

回顾了一下我们《生信技能树》的公众号 推文历史，发现上一次生信技能树超级VIP入场券发放(人民币一万起)，居然是2019年8月了，恰好后面就是疫情三年多，而且这段时间我也在忙着自己的博士毕业相关琐事。 Continue reading →

看到了一个蛮有意思的讨论：
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哈哈哈，没想到，沉寂五年后复出的我居然“无人问津”，我们的学徒计划和知识整理实习生都没有人愿意来： Continue reading →

学员群里有小伙伴提出来了一个非常“个性化”的单细胞转录组数据分析需求：

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生物信息学可以是具有挑战性但令人兴奋的领域。它为研究生物学中的复杂问题提供了强大的工具和方法。如果您有足够的兴趣和决心，学习和掌握生物信息学是完全可行的。最重要的是，不断学习和实践，逐渐积累经验和技能。虽然它确实有一定的挑战性，但是否生物信息学的掌握很难主要取决于个体的兴趣、学习方法、背景知识和目标。以下是关于生物信息学的一些考虑因素： Continue reading →

好久之前看到了知乎上面的一个整理，是关于生物信息学权威期刊的分级，总结整理的真好，感觉确实看过的大部分文献都在这8种杂志里面，如下所示：

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就头疼，前些天招募知识整理实习生，详见生信技能树知识整理实习生又又又开放申请啦。这次居然破天荒有两个科班出身的生物信息学本科专业小伙伴想加入，本来呢我一看就赶快约了聊聊看可以根据兴趣找一个负责的知识点方向，比如成套的泛癌代码整理，数据挖掘建模整理，单细胞多组学整理，但是呢，聊完才发现居然对方并不擅长R的统计可视化，也没有在Linux服务器的多组学数据分析经验，就很尴尬，也就是说需要我从零开始培养。。。。 Continue reading →

最近接到了还没有入门的备选学徒的提问，发现其实可以使用chatGPT很方便的解决，如果大家不能使用外网的chatGPT，也可以参考我们通过BioinfoArk提供的中国区chatGPT的查询方式： Continue reading →

最近在我的授课电脑上面一股脑更新了全部的R套件，包括R和rstudio，以及rtools，还有几百个r包文件夹都删除了。

但是在参考我两年前的教程：一口气安装800个R包，批量安装800多个R包的时候，发现下面的这些包其实是在github上面： Continue reading →

看到了微信聊天群有人推荐了《100 STATISTICAL TESTS IN R》，该书籍介绍了基于R的100个统计检验小例子。我简单的看了看目录，全英文，很生疏，感觉没有多大意思。

所以，我让chatGPT帮我罗列了最常见的10个使用R语言进行的统计检验例子，如下所示，以供参考： Continue reading →

前面我们分享了：生物信息学真的很难吗？ 引起了大家的共鸣，十年前确实是生物信息学相关学习资料少得可怜，而且测序费用和计算机资源都不是那么的平易近人，但是现如今有了“百花齐放”的自媒体教程平台，以及我们开创的 144线程640Gb内存服务器共享一年仍然是仅需800，再加上国产测序仪把价格打下来了，搞一个普通bulk转录组也就是三五百块钱而已，基本上生命科学领域的任何课题都需要加上一点点测序啦。 Continue reading →

任何技术在流行的时候，都是一大堆人开发一大堆工具，但是到最后，大浪淘沙，只有一两个优秀工具被大家广为传颂！比如450K等甲基化芯片数据处理，就只剩下了ChAMP等： Continue reading →

交流群里面小伙伴发了一个小鼠的肝脏单细胞转录组数据文章，说不会读取作者给出来的矩阵，文章是2019的：《Single-Cell Transcriptomics Uncovers Zonation of Function in the Mesenchyme during Liver Fibrosis》

数据集是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE137720，作者给出来的是如下所示的文件： Continue reading →

如果是同一个机器下面的两个Linux账号，其实如果两个账号之间的文件夹没有访问权限，你仍然可以使用一些方法来实现文件的拷贝。以下是几种可能的方式： Continue reading →

最近授课转录组数据分析实战的时候， 到了下游分析环节，主要是表达量矩阵质量控制，差异分析，以及后续的生物学功能数据库注释。

学员提出来了一个很有意思的问题， 就是表达量矩阵质量控制环节里面的PCA分析，可以看出来不同样品在二维图里面的距离，其中PC1是可以区分两个分组，如下所示： Continue reading →

01 卵巢癌类器官再现疾病的异质性

【文献题目】
An organoid platform for ovarian cancer captures intra- and interpatient heterogeneity
【期刊名称】Nature Medicine
【通讯作者】Hans Clevers
【发表时间】2019年
【文章内容】 Continue reading →