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终于过上了半年不需要培养实习生的神仙日子

本来是计划去年八月份博士毕业后可以大展拳脚开始全心全意培养生物信息学人才,没想到去年十月份才开始发布实习生招募信息就遇到了了当头棒喝。详见生信技能树知识整理实习生又又又开放申请啦(现在不招了,谢谢),在 很抱歉我这里没有朝九晚五 可以看到留言也是相当的精彩啦。 Continue reading

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在Python里面如何达到R的gplots包的balloonplot函数对table后的列联表的可视化效果

在 R 编程语言中,使用 table() 函数可以创建列联表(contingency table),也称为频数表或交叉表。列联表用于显示两个或多个分类变量之间的关系,它显示了每个组合的计数(频数)。在列联表中,行代表一个变量的水平(类别),列代表另一个变量的水平(类别),交叉点的值表示两个变量对应水平的组合出现的次数。 Continue reading

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有了单细胞数据的类器官研究其实可以不做常规基因组和转录组啦

前面我们提到了早期的在每个癌症领域的类器官CNS文章已经是非常一致的展现了类器官培养的成功性,在常规的转录组和肿瘤外显子层面的异质性,药物反应情况,以至于后面的研究没办法做下去了。

恰好单细胞时代到了,可以让之前的CNS类器官研究文章继续“复制粘贴一波”,比如 Continue reading

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永久免费的生信进阶培训

昨天发布的 月薪两万找生信练习生(线下) 确实是吸引了一拨人,毕竟是只需要十年艰苦奋斗(稳扎稳打生物信息学)就能有机会靠专业技术能力在社会上年入百万。
但是呢,因为猎头跟我说的这些招聘很多都卡第一学历,尤其喜欢清北复交的毕业生。导致很多小伙伴们看到招募信息后只能眼馋,可望不可即。虽然说,绝大部分人没有这样的机会参与以十年为单位的培养,又确实是有很多双非院校甚至已经毕业的小伙伴们发邮件找到了我想深入学习生物信息学。我也不能说是厚此薄彼,这里我仍然是广开方便之门,提供永久免费的生信进阶培训给大家。仍然是很简短的几个要求即可: Continue reading

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一直混入到其它单细胞亚群是为什么呢

看到了《单细胞天地》公众号分享了一个中山大学孙逸仙纪念医院的新鲜出炉的单细胞文章:PDGFRα+ITGA11+成纤维细胞通过 ITGA11-SELE 相互作用促进早期癌症的淋巴血管侵袭和淋巴转移,是13个scRNA样本,包括4个癌旁,6个淋巴血管侵犯(LVI)positive,3个LVI negative。对应的数据集是:GSE222315

很容易整理它们后读取,常规的单细胞转录组降维聚类分群代码可以看 :链接: Continue reading

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一起来挖掘中国人群的肝癌多组学队列

大清早的(2024-02-15 07:20)看到了《北京未来基因诊断高精尖创新中心》公众号宣传了他们单位的最新nature文章,详见:Nature | 白凡课题组与王红阳院士团队联合揭示中国人群肝癌全基因组变异及演化特征。本来呢,这样的资源型文章一般来说我们就看一下即可,因为人类遗传资源保护越来越严格了,基本上不可能看到病人的测序数据的公开,所以很难二次利用! Continue reading

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一份单细胞数据多篇顶刊文章(这就是生信大神课题组实力吧)

最近看到了朋友圈很多小伙伴转发了美国德克萨斯大学MD安德森癌症中心的王凌华教授和Humam Kadara教授的合作团队在《Nature》在线发表了题为 《An atlas of epithelial cell states and plasticity in lung adenocarcinoma》的最新文章(2024年2月28日),也在各个交流群看到了大家发原文PDF,我就好奇打开看了看,发现人家里面的数据居然是三年前的单细胞转录组: Continue reading