小伙伴们跟着我们的单细胞数据分析流程，基本上都掌握了： 单细胞聚类分群注释 ，尤其是我们重点演示了的第一层次的分群。b站免费视频课程 地址：https://www.bilibili.com/video/BV19Q4y1R7cu Continue reading
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为什么一定要是预后相关基因呢
看到了一个 J Cancer . 2020 Jan的文献蛮有意思的，文章标题是：《A Stemness and EMT Based Gene Expression Signature Identifies Phenotypic Plasticity and is A Predictive but Not Prognostic Biomarker for Breast Cancer》，也就是说，标题就指出来了他们的研究对象 癌细胞干性指数以及EMT打分，这两个指标都跟癌症预后没有关系！ Continue reading
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徒有虚名的单细胞转录组
最近交流群有小伙伴提问《单细胞转录组》数据分析，我给了他我录制好了3个系列视频，和十套完整代码。但是对方说根本就没有用，我就纳闷了， 我的资料教会了那么多人单细胞数据分析，为什么就渡不了他呢？ Continue reading
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套娃一样的conda和r
最近有粉丝提问，他在R里面安装了conda，但是不知道如何启动和配置那个conda，让我非常吃惊。 Continue reading
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台湾地区肝癌患者的甲基化水平异常
ngs技术多如牛毛，在它之前每个技术都有一个对应的芯片版本。
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四行代码完成单细胞转录组的降维聚类分群
昨天在《生信技能树》公众号的一个教程：这也能画？，我提到了一个很无聊的R包，名字是：scRNAstat ，它可以4行代码进行单细胞转录组的降维聚类分群，其实完全没有技术含量， 就是把 Seurat 流程的一些步骤包装成为了4个函数： Continue reading
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数字游民从学徒作业开始
最近在朋友圈刷到了【一刻talks先见未来大会2020】的演讲视频，其中一个讲者很有意思、就是海尔集团海创汇合伙人，首席生态官——檀林，他的演讲：数字游民时代来临，你做好准备了吗？ 详细演讲视频介绍见：檀林：数字游民时代来临，你做好准备了吗？ Continue reading
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手把手教你处理单细胞公共数据集从fastq开始
文章：《Preparation of mouse pancreatic tumor for single-cell RNA sequencing and analysis of the data》，链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S266616672100695X Continue reading
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使用conda配置一个单细胞数据分析环境
部分情况下，大家可能是会从一个完全空白的服务器上面开始自己的单细胞数据分析，那么配置环境是一个蛮繁琐的事情！ Continue reading
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什么鬼，你才60秒？
最近很多小伙伴表示，在使用R语言下载GEO数据集，或者其它文件，会遇到时间不够的情况，比如如下所示的报错： Continue reading
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人生中的第一个一千万就靠你啦
昨天在《生信技能树》和《单细胞天地》等公众号都推出来了一个10X单细胞转录组钜惠套餐，详见：2个分组的单细胞项目标准分析，原价15~20万的6个10x单细胞转录组套餐，现价10万。不到一天就拿到了300多万的意向，我觉得可以往一千万的小目标冲一下！ Continue reading
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染色体坐标排序的两个方法
绘图的时候经常会遇到这个问题，有些NGS软件也会遇到。使用下面的代码模拟数据 Continue reading
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配对肝癌病人的拷贝数变异数据揭示癌症相关基因
有一个烂梗，说的就是癌症相关基因，详见： 『重磅！最新发现癌症相关基因』真相：基本找不着跟癌症无关的基因 ，也就是说大家看到了各式各样的文献都“恬不知耻”的落脚点是自己研究的基因在癌症领域多么多么在重要，要么是抑癌基因要么是原癌基因，跟癌症的发生发展，转移复发，耐药或多或少有相关性！ Continue reading
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拟时序分析就是差异分析的细节剖析
副标题：
- 所有的大样本量差异分析都可以转为拟时序分析
- 两个分组的差异分析仅仅是上下调吗？ Continue reading
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你真的需要如此多的单细胞亚群注释工具吗？
新鲜出炉（2021年10月）的，发表在：《Computational and Structural Biotechnology Journal》杂志的综述文章：《Automatic cell type identification methods for single-cell RNA sequencing》整理了目前的单细胞亚群注释工具，文章链接是：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2001037021004499 Continue reading
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如果你一定要TCGA数据库的转录组测序的TPM表达量矩阵，不妨自己进行转换啊！
前面我们的泛癌系列教程，都是直接使用count矩阵进行分析，最多就是进行一些转换而已。但是很多读者不依不饶一定要我们使用TPM表达量矩阵，因为这个更权威或者说更流行！ Continue reading
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你认为是双细胞人家说是全新细胞亚群
在朋友圈看到了一个单细胞文献快讯：杜克-新加坡国立大学医学院和新加坡科学技术局基因组研究所等机构的研究人员在 Cancer Discovery 期刊发表了题为：《Single-cell atlas of lineage states, tumor microenvironment and subtypespecific expression programs in gastric cancer》 的研究论文。 Continue reading
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你确定你研究的是成纤维细胞吗？
感兴趣成纤维细胞的非常多，可能主要是因为肿瘤领域的火爆，肿瘤微环境里面的免疫相关，不管是淋巴系还是髓系，都有了大量的 成果。反而是肿瘤微环境里面的基质细胞，比如内皮细胞，成纤维和周细胞目前还大有可为。 Continue reading
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你确定还需要自己测甲状腺癌的单细胞吗？
这两个月单细胞市场上最劲爆的消息应该就是我们《生信技能树》和《单细胞天地》等公众号都推出来的 10X单细胞转录组钜惠套餐，详见：2个分组的单细胞项目标准分析，原价15~20万的6个10x单细胞转录组套餐，现价10万。 Continue reading
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你的单细胞亚群可能并不是真的既有T细胞也有B细胞的标记基因
我们在前面的教程：为什么一个单细胞亚群既有T细胞也有B细胞的标记基因呢，给大家演示了一种可能性，就是cycling 亚群就是 既有T细胞也有B细胞的标记基因，实际上是因为它们这群细胞高表达 TOP2A和MKI67基因，处于比较活跃的细胞增殖状态，这样无论它本身是 T细胞还是B细胞，它们的这个状态使得它们在普通的降维聚类分群的流程里面就会被混合在一起。 Continue reading