我看到了一个研究可能对大家有帮助，《Transcriptional response profiles of paired tumor-normal samples offer novel perspectives in pan-cancer analysis》， Continue reading →

看到Y叔的公众号发出了：Published:July 01, 2021

• DOI:https://doi.org/10.1016/j.xinn.2021.100141
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关于这个estimate，我们在生信技能树公众号已经是多次分享了，主要是因为肿瘤本身具有异质性而且肿瘤取样问题，所以我们拿到了肿瘤数据（比如表达量矩阵）里面除了恶性癌症细胞的，还有基质细胞和免疫细胞的特性。所以2013年的一个数据挖掘文章，就整理了两个基因集来根据表达量矩阵去量化肿瘤样品里面的基质细胞和免疫细胞的比例。（其实是非常的粗糙，只不过是发的比较早，所以引用很多） Continue reading →

看到一个很简单的临床工作文章，标题是：《Association of Body Mass Index With Somatic Mutations in Breast Cancer》，发表在 Front. Oncol., 01 April 2021 | Continue reading →

我们在前面的教程：不是maf格式的somatic突变数据就没办法读入到maftools了么，提到了假如小伙伴们是在 https://xenabrowser.net/datapages/ ，找到 GDC TCGA Breast Cancer (BRCA) (20 datasets) ， Continue reading →

2020年我们在jimmy老师的支持下成功举行了两场培训，由于培训课程均为前沿内容，所以每期培训班招生一般2~3天结束。 Continue reading →

我们在前面使用3个教程来说明肿瘤微环境,，是一个目前比较流行的方法 estimate看基质和免疫细胞比例 ，来源于2013数据挖掘文章，作者就整理了两个基因集来根据表达量矩阵使用estimate方法去量化肿瘤样品里面的基质细胞和免疫细胞的比例。目录是： Continue reading →

马拉松课程学习群有学员提问，她参考了一个自定义函数修改pheatmap热图，但是一直报错。其实是因为她选取的基因超出了热图里面的全部基因，但是如果辩证思维不够，就会怀疑函数本身的问题。 Continue reading →

如果你对《Nature Methods》2020年度技术：空间转录组学 还很陌生，那么这个与上海伯豪工程师团队面对面交流的机会决不能错过！ Continue reading →

前面的CNS图表复现专辑，我们写了20个笔记并且分享给大家了，见目录： Continue reading →

在单细胞大行其道的如今，也有不少课题组选择做cytof数据，全称是：Cytometry + Time Of Flight，是Fluidigm公司的产品，可以检测单个细胞的多个设定好的抗体的信号强度。这些抗 Continue reading →

前面我们针对TCGA数据库全部的癌症的表达量矩阵批量运行 estimate，而且得到了estimate的两个打分值，可以发现可以看到不同癌症内部的estimate的两个打分值是有异质性的。

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前面我们在《生信技能树》已经是多次分享了变剪切相关教程: Continue reading →

我们在前面的 明码标价之公共数据库探索 提到了文章作者比较了TCGA数据库的ESCC的N0和N3时期的肿瘤样品表达量样品的差异，从而开启一个科研项目，让大家误会了，以为那个文章就这么简单。 Continue reading →

我们七月份的学徒培养专注于单细胞数据处理，第一个学徒选择的文章很有意思，标题是：《Single-cell transcriptomic heterogeneity in invasive ductal and lobular breast cancer cells》 Continue reading →

看到了一个综述，标题是 ：《ID4 controls luminal lineage commitment in normal mammary epithelium and inhibits BRCA1 function in basal-like breast cancer》，提到了： Inhibitor of differentiation (ID) 基因家族的ID4这个基因的两面性，如下所示： Continue reading →

1 选择

各位好，我叫小汪，一个来自湖北，现就读于华中农业大学的准大四学生。 Continue reading →

昨天我们给《单细胞天地》的交流群的粉丝提问，关于 FindMarkers与AverageExpression 两个函数的差异，做出来一个简单的示意图解释，见：[这算是不一样吗] Continue reading →

今天这个推文甚至算不上一个教程，但是里面的代码其实是复制粘贴就可以运行哦。之所以写它，主要是是因为交流群有粉丝总是问各种各样的代码问题，风险因子森林图啊列线图的，归根到底就是R基础知识不牢固，所以报错连连。 Continue reading →

又一次被迫讨论这个让人又爱又恨的批次效应了，主要是因为上一个教程 不同癌症的差异难道大于其与正常对照差异吗：大家的留言： Continue reading →