九 18

使用SingleR构建自定义细胞亚群数据库

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前面的教程：[混合到同一个10X样品里面的多个细胞系如何注释](https://mp.weixin.qq.com/s/S5TJ2JDOYAOynhjXwTH-FQ)，我们提到了可以使用细胞系的表达量矩阵去跟细胞亚群表达量矩阵进行相关性计算，然后就可以判断细胞亚群的生物学意义啦。当然了，我们也给出来了一个比较不错的可视化方法，见：[如果你觉得相关性热图不好看，或者太简陋](https://mp.weixin.qq.com/s/jrV5HER_bmWyvXGzi608Tw)。 Continue reading →

九 18

使用wget批量下载geo数据集的全部文件

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单细胞转录组教程我们写的差不多了，是时候进军单细胞ATAC和空间单细胞了，找到了这个经典的 《单细胞ATAC》数据集：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE129785 ，对应的文章是：Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion. Nat Biotechnol 2019 Aug;37(8):925-936. PMID: 31375813

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特定mRNA基因的相关性lncRNA计算

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这个策略目前应用蛮广泛的， 比如文章《A Novel Inflammatory lncRNAs Prognostic Signature for Predicting the Prognosis of Low-Grade Glioma Patients》就是提取TCGA和CGGA共有的炎症基因mRNA和lncRNA的表达数据后，采用Pearson法分析lncRNA与LGGs炎症相关基因的相关性，相关系数为| r| > 0.7的lncRNA视为炎症相关lncRNA。当然了，也可以提取免疫相关mRNA基因，自噬的，细胞焦亡的，缺氧的。 Continue reading →

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我以为我画错了

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最近安排团队一起学习肿瘤外显子流程，处理的数据来源于2017年CELL杂志的文章《Tumor and Microenvironment Evolution during Immunotherapy with Nivolumab》，跑完上游流程拿到了maf格式的肿瘤特异性的somatic突变位点后，第一张图就应该是突变全景图，所以有如下代码： Continue reading →

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现代生物学所需要的现代统计学

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看到了一本有意思的书籍：《现代生物学所需要的现代统计学》，名字是我自己翻译的。

主要是因为太多小伙伴在咱们《生信技能树》后台咨询过想不错生物学知识和统计学知识，恰好这个《Modern Statistics for Modern Biology》把二者涵盖了，在线阅读链接：https://www.huber.embl.de/msmb/index.html Continue reading →