最近刷文献,看到了针对RNA-seq测序技术的这样的一个总结: Continue reading
使用barcodeplot可视化你的基因排序
gsea分析这方面教程我在《生信技能树》公众号写了不少了,不管是芯片还是测序的表达矩阵,都是一样的,把全部基因排序即可: Continue reading
使用camera进行基因集分析
发表这个算法的文章是2012年:《Camera: a competitive gene set test accounting for inter-gene correlation》,链接是: Continue reading
缺单细胞亚群标记基因
我们做肿瘤研究的单细胞数据,一般来说初步定义细胞亚群, 第一次分群是通用规则,按照 : Continue reading
图片压缩神器ffmpeg
最近摄影公司不知道从哪里弄到了我们的电话号码,提出上门给宝宝拍摄新生儿艺术照留念,打着社区免费服务的幌子拍照后各种狮子大开口,收费3200,后来减去了一些照片,总算是800拿下来了。临走 Continue reading
细胞亚群为什么一定要有清晰可见的界限
太多小伙伴在各种交流群问到他自己的单细胞转录组数据在降维聚类分群的时候,发现很多生物学亚群会出现一定程度的交叉,导致结 Continue reading
新手绘图一站式R包之ggpubr
非常有意思的是,虽然我们介绍了海量的R语言绘图资源,包括手把手视频教学和配套书籍,以及海量的绘图参考代码。 Continue reading
新手绘图一站式R包ggstatsplot
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研究最热门的基因是什么
在 NCBI的ftp里面关于人的一些基因信息, 在 : ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov//gene 下载即可! Continue reading
一个包的升级居然造成如此大的破坏
以前从来不报错的 org.Hs.eg.db 类似的包,这两天居然各个交流群都有人在问它!如下所示的报错: Continue reading
一个分析一个图,后面全靠编故事
最近看到一个韩国人的TCGA数据挖掘文章,标题是:《Classification of Genes Based on Age-Related Differential Expression in Breast Continue reading
你愿意为这样发育不全的生命科学奉献一生吗
最近刷单细胞文章,看到了《Tumor and immune reprogramming during immunotherapy in advanced renal cell carcinoma》,这个文献里面有一个非常诡异的降维聚类分群和生物学命名: Continue reading
一个简单的转录组差异分析就走hub基因流程吧
如果你手上有一套尘封已久的转录组表达量芯片数据或者测序数据,那么这个文章或许是一个较好的模范让你学习! Continue reading
一个简单转录组测序数据发两篇sci
你还认为普通转录组测序没有用吗?
一个bioconductor包居然发在了cancer research杂志
cancer research杂志在癌症研究领域还蛮出名的,很容易跟Clinical Cancer Research搞混,假如你在这两个杂志发表过第一作者的研究,可以在公众号留言找我,获得一个免费的生物信息学数据咨询服务哈! Continue reading
展示细胞比例变化之桑基图
我在CNS图表复现09—上皮细胞可以区分为恶性与否提到了一个很有意思的现象,就是把上皮细胞分群后,可以看到有一些亚群是具有病人特异性,但是也有不少亚群是跨越了病人存在的。 Continue reading
展示细胞比例变化之balloonplot
我在CNS图表复现09—上皮细胞可以区分为恶性与否提到了一个很有意思的现象,就是把上皮细胞分群后,可以看到有一些亚群是具有病人特异性,但是也有不少亚群是跨越了病人存在的。 Continue reading
招募100个单细胞爱好者
急!计划招募100个单细胞爱好者,免费学全套单细胞降维聚类分群和生物学亚群注释,仅限今天! Continue reading
这50个ggplot2现成图表你居然没有从头到尾自己画一遍
我比较喜欢ggplot2+AI 来做科研绘图, 当然,有高手可以独立使用ggplot2调整全部图表细节,完全不使用AI。 Continue reading
真的很烦那些盗版
想找自己以前的一个笔记,在公众号里面搜了半天以失败告终,毕竟里面几千篇教程了,简直是大海捞针。即使我记住了标题都无法检索到它,真的是信息海洋啊! Continue reading