在朋友圈看到了有人吐槽她下载的表达矩阵里面出现日期基因，挺好玩的，就把gse号码要过来了，是 GSE122083，其日期基因如下： Continue reading →

最近有一些小伙伴看到了我六年前的《直播我的基因组》系列，觉得我可能是基因检测解读方面的“专家”，哈哈哈！ Continue reading →

在CNS图表复现09—上皮细胞可以区分为恶性与否，我分享过有一些上皮细胞亚群是跨越病人的聚类情况，所以先暂时认为他们是非恶性细胞。而在 [CNS图表复现17—inferCNV结果解读及利用之进阶] Continue reading →

通常我们安装R包，是来自于 CRAN或者bioconductor，如果要安装大量R包，我们以前分享过一个简化代码，如下：

Continue reading →

最近接了一个单细胞转录组项目，有80个10X样品，每个样品的单细胞测序数据都是100G左右的fq.gz文件，很不容易跑完了全部的cellranger流程，发现了一个很有意思的事情，每个样品的输出文件都很很复杂。这个时候我需要把各自样品的html文件拷贝并且改名后先给客户开卡，如下所示的结构： Continue reading →

我在 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则 提到了，肿瘤单细胞测序通常是按照下面的4个基因表达量分布进行初步分群 ： Continue reading →

去年我们在《生信技能树》公众号带领大家一起学习过：[SCENIC转录因子分析结果的解读] Continue reading →

最近看到文章 Cancer Cell . 2020 Dec ，标题是《Cathepsin C promotes breast cancer lung metastasis by modulating neutrophil infiltration and neutrophil extracellular trap formation》 Continue reading →

前些天关于小学生寒假作业思考题的推文引发大量的讨论，见：连小学生都开始学编程了。 Continue reading →

无意中看到了于2017年7月发表在cancer cell杂志的文章：《Common Molecular Subtypes Among Asian Hepatocellular Carcinoma and Cholangiocarcinoma》，是泰国人的癌症队列成果。 Continue reading →

gsea分析这方面教程我在《生信技能树》公众号写了不少了，不管是芯片还是测序的表达矩阵，都是一样的，把基因排序即可。那在单细胞分析里面也是如此，首先对指定的单细胞亚群可以做差异分析，然后就有了基因排序，后面gsea分析全部的代码无需修改，我这里演示一个简单的例子给大家哈！ Continue reading →

以下代码需要加载 GSEABase 包：

读取gmt文件看看GeneSetCollection 对象

Continue reading →

深圳模式已经走出了南方科技大学和深圳大学，其实深圳大学城还有3个研究生院，就是清华大学，北京大学和哈工大。 Continue reading →

我注意到2019年，有两个肺癌队列多组学发布，挺有意思的。其实肺癌一直是全球发病率最高的癌症，而 2020 年最新数据显示，乳腺癌新增人数达 226 万，肺癌为 220 万，乳腺癌正式取代肺癌，成为全球第一大癌症。不知道未来会不会出现好几个单位同一时间发布不同的乳腺癌单细胞数据集呢？ Continue reading →

加载本地R包对于大部分R语言初学是一个难题，今天我们来聊一聊如何正确的安装离线R包。 Continue reading →

很多交流群都有粉丝咨询文献的ngs数据下载问题，因为生信技能树在B站的绝大部分视频课程都是三五年前录制的，所以很多软件更新了，那个时候也不怎么流行conda和aspera高速下载！我那个时候也没有意识到在中国大陆的确的小伙伴使用sra-toolkit的prefetch命令下载sra数据文件居然是很慢！！！ Continue reading →

最近我们公告了《2021生信学习班起航，先送福利》，很多朋友咨询生物信息方面的书籍，这个真的好难推荐啊！我甚至都忘记了自己还有一本生物信息学的书，见 Continue reading →

我去年多次分享过 人类和小鼠的基因名字其实是有规律的，见：人鼠基因转换之首字母大写，但其实我也指出来了，这个规律并不是绝对的。 Continue reading →

可能基本上没有多少《生信技能树》的粉丝知道，其实我的生物信息学技能也是从基因组组装开始的，大概是八九年前我本科还没有毕业就去北京实习，在西四环的青塔那边的水产所跟着大黄鱼等基因组团队做一些打杂工作，同时开启了自己的生物信息学笔记整理和分享生涯，让我甚是怀念啊。 Continue reading →

去年我们在《生信技能树》公众号带领大家一起学习过：SCENIC转录因子分析结果的解读 ，而且前些天我给了一个 [单细胞转录因子分析之SCENIC流程] Continue reading →