我注意到3个月的一个学员超级优秀，把我们的一个月授课内容系统性的整理成为了200篇左右的学习笔记，创立了一个公众号，精选目录如下： Continue reading →

前些天我们在《生信技能树》和《生信菜鸟团》同步宣传了：Linux公益课2021，对广大粉丝来说确实是好事。不过有极少数粉丝表示自己并没有Linux服务器，所以呢，很难跟上我们的课程，这个就有点尴尬。 Continue reading →

最近有粉丝来信表示我的免费视频课程《LncRNA-seq数据》非常的“简陋”，就是在用一个lncRNA芯片和一个lncRNA测序的数据来演示如何获得表达矩阵，以及后续的各种图表代码操作。完全没有生物学背景，并不是一个系统的课程，仅仅是技能展现。 Continue reading →

前面介绍了R的统计函数，有好多小伙伴通过留言反馈，说对R语言的数据结构还不是很清楚，今天我们就聊一下R中关于数据那点事。 Continue reading →

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通常我们拿到一个全新服务器，要给大家使用，需要配置最新版R环境，代码如下： Continue reading →

怕什么报错呢，重来一次不就好了吗！

学员群有人提问，他们上完了我们的转录组课程，自己拿服务器去跑一个文献数据，有一个样本的sam转为bam文件报错，得到文件如下: Continue reading →

学徒在完成转录组实战任务的时候，出现了一个小bug，自顾自的纠结了一晚上不过来寻求我的帮助。让我非常生气，因为确实是很简单的两个小技巧，主要是理解全局变量、环境变量。 Continue reading →

看到朋友圈小伙伴转发了一个有味道的研究：
研究者们收集了 12个中国成年人的尿液，we performed scRNA-seq on voided urine samples. 50–100 mL middle stream urine samples were collected from 12 Chinese healthy adults and combined for droplet-based single-cell RNA sequencing after flow cytometric sorting of live cells. Continue reading →

我看到2020年10月发表在cancer cell杂志的文章《Senescence Reprogramming by TIMP1 Deficiency Promotes Prostate Cancer Metastasis》，链接是：https://doi.org/10.1016/j.ccell.2020.10.012 ， Continue reading →

三年多没有看我们《生信技能树》的论坛了，都差点忘记了这个产品，昨天不小心点击进去了，恰好看到了一个问题，就回复一下吧！ Continue reading →

最近有粉丝咨询我多个gsea数据集整合时候的批次效应的处理，我看了看，有affymetrix，agilent，illumina的芯片数据，还有测序的转录组，我勒个去，感觉是在集邮一样，然后邮件附上了一大堆热图，层次聚类图，PCA图，相关性图，看得我眼花缭乱。 Continue reading →

我前面吐槽了这个2020年10月发表在cancer cell杂志的文章《Senescence Reprogramming by TIMP1 Deficiency Promotes Prostate Cancer Metastasis》，链接是： Continue reading →

前面我在《生信技能树》公众号分享了 对单细胞表达矩阵做gsea分析的付费代码，大受欢迎，是对指定的两个单细胞亚群进行差异分析后，根据基因的差异情况排序，然后去msigdb数据库里面进行gsea的注释，并且批量出图，在实际数据分析中非常的有用。 Continue reading →

有粉丝在我们公众号后台咨询，基因名字没有什么规律，自己拿到了一堆基因不知道如何是好，希望我们给一个案例。 Continue reading →

目前大家都在集中精力在单细胞转录组表达矩阵的质控降维聚类分群和注释，其实这个数据分析思路并不仅仅是在单细胞这个当红炸子鸡上面才有。 Continue reading →

单细胞转录组的质控降维聚类分群和生物学注释例子我们在《生信技能树》和《单细胞天地》都多次分享过：人人都能学会的单细胞聚类分群注释 。 Continue reading →

最近有粉丝在我们《生信技能树》公众号后台付费求助，想follow一个文章 做他自己感兴趣的一个数据集的WGCNA分析。 Continue reading →

最近读文献， 看到了一个有意思的文章，发表在 Nat Commun . 2021 Jan 的文章：《Global computational alignment of tumor and cell line transcriptional profiles 》提到了一个工具，Cellinger，链接是：https://www.nature.com/articles/s41467-020-20294-x Continue reading →

学徒培养进行到了转录组实战环节，按照惯例我会挑选10+篇比较新的带数据集的RNA-seq文章给到学徒，让大家实战。 Continue reading →