目前单细胞转录组以10X公司为主流，我们也是在单细胞天地公众号详细介绍了cellranger全部使用细节及流程，大家可以自行前往学习，如下： Continue reading →

我在前面的推文合理的提出来了一个讨论：所以GSE号也可以弄错吗，很多被该公司坑害过的科研伙伴们留言让我们去Google关键词”KangChen Biotech Retraction”, 就明白该公司的劣迹斑斑了。但是居然有人留言恐吓我： Continue reading →

春节期间刷文献，看到文章《OCTAD: an open workspace for virtually screening therapeutics targeting precise cancer patient groups using gene expression features》，链接是：https://www.nature.com/articles/s41596-020-00430-z 提到了GEO和ArrayExpress数据库资源，以前没有概念，看完之后，大吃一惊啊： Continue reading →

首先你需要认识node数据库哦，见：https://mp.weixin.qq.com/s/ygOMbwm4tMi2AitguXmcwQ

然后呢，以前jimmy老师分享过 SRA和GEO数据库的规律，见：

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前面介绍了R的统计函数，有好多小伙伴通过留言反馈，说对R语言的数据结构还不是很清楚，今天我们就聊一下R中关于数据那点事。

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本人做肺纤维化研究，近期在Science Advance 上连续发了两篇单细胞文章，所以计划根据单细胞天地胶质瘤的单细胞CNS复现系列推文，复现一下。

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六年前还在上海工作的时候，机缘巧合接触了使用R语言的shiny体系搭建网页工具的技术，就一直身体力行的在我们生物信息学圈子里面推广它。自己一个人能做的很有限，很庆幸这些年有各式各样的小伙伴加入我们《生信技能树》小圈子，一起建设shiny知识体系。最近有空，就安排实习生整理了一下各个公众号关于R语言的shiny体系搭建网页工具的教程，供大家系统性学习！

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最近学徒在发给我每日汇报的时候，提到了一个有趣的《知乎》问答，链接是：https://www.zhihu.com/question/401362429 ，内容如下： Continue reading →

有一个现象很有意思：虽然99%的粉丝找到我的都是希望我能给他一点学习资料，或者回答他一些技术问题，甚至有些极端的粉丝白嫖了我的技术教程和公益课程后还希望我给他发红包。但是也有那么一小撮人，非常的“热心肠”，对我的很多做法感觉非常的不能理解，一定要试图说服我，把生信技能树往商业的道路上“扶正”，让我远离那样的白嫖党。 Continue reading →

大庇天下寒士俱欢颜！
基础配置：96核心384G内存的超级服务器(共享)使用权一年（年付费600元人民币即可），每个人独立磁盘空间200~300G。（硬盘可根据需求付费增加）
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我与生信技能树的缘分在2019年的夏天开始的，之前做的实验都是湿实验，学的生信知识还是大学仅有的一门生物信息学课上，学的极其基础只是学会用一些网页工具和序列比对的工具。缘分兜兜转转，因为考研调剂调到了生物信息学，当时我只是想有个学上，觉得生信这个专业稍微好调剂点，而且有一点点兴趣，但是对于自己后面究竟要干点什么是不 Continue reading →

有粉丝提问：跟着我们《生信技能树》的教程：借鉴escape包的一些可视化GSVA或者ssGSEA结果矩阵的方法 做他自己的单细胞数据集的gsva发现内存不够，但他自己的个人电脑已经是32G的顶配了，一时间没办法搞到服务器。 Continue reading →

众所周知，StatQuest生物统计学视频是一个很优秀的生物统计学系列教程，教程作者是Josh Starmer （个人博客https://statquest.org/），生信菜鸟团很早之前就推过相关的学习资源。见： Continue reading →

看到朋友圈有人转发了一个研究，是2020年8月4日， 著名肝脏学杂志Hepatology在线发表了哈尔滨医科大学附属第二医院崔云甫团队的 一项circRNA研究工作，报道胆管癌中ERBB2来源circRNA（文中命名为circ-CCAC1）在胆管癌中具有促癌作用。circ-CCAC1可以通过胞外囊泡进入内皮细胞并导致内皮细胞屏障的破损 Continue reading →

学员花了一周学习了m6A的生信相关知识，汇报给了我一个笔记，主要记录m6A的建库原理和分析流程。跟我前些天提到的教程：新的ngs流程该如何学习（以CUT&Tag 数据处理为例子），有异曲同工之妙，虽然我自己是不太可能把所有 Continue reading →

最近有一些朋友咨询新物种的基因组组装相关数据分析，我其实是七年前有参与过一点点啦，是大黄鱼等基因组，好像还是什么973项目，那个时候基因组都是cns级别文章。但是自从离开北京后一直做的都是人类疾病，尤其是癌症领域的数据分析，没有把新物种的基因组组装相关数据分析捡起来。

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众所周知，单细胞数据分析对计算机资源的要求有一点高，尤其是10X单细胞转录组数据的多样本合并那个步骤！

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最近在朋友圈看到两个单细胞文章：

• 2021年1月27日，亚实性结节(SSN)的肺腺癌 单细胞文章是： Continue reading →

前些天我们在《生信技能树》和《生信菜鸟团》同步宣传了：Linux公益课2021的视频，并且提供了一个免费的服务器是，是60万的超高配置服务器 ( 96线程512G内存48T硬盘的5台)的其中一台。但是很多人上完这个公益课，还想蹭我们的服务器（因为承诺是免费一个月），所以要求我安装一些R包。 Continue reading →