最近看到某公司宣传他们的科研服务产品，是miRNA的芯片，而且文章居然是2011发表的，那个时候我还不知道生信是啥子。(我一直以为自己足够老了)

该研究使用的是 CapitalBio 平台 (CapitalBio 公司) 芯片，非常清晰的研究思路；

• 60+88个肺鳞癌病人肿瘤组织和癌旁的miRNA芯片表达矩阵，数据集在：GSE15008 Continue reading →

最近看到某公司宣传他们的产品，是lncRNA的芯片，文章是2015发表的，研究思路很清晰：

• 119个食管癌病人的肿瘤组织和配对样品的lncRNA芯片数据，在GSE53624
• 芯片平台比较老旧了，是Agilent human lncRNA+mRNA array V.2.0
• 把119个食管癌病人数据拆分成为 training (n=60) and test (n=59) 数据集 Continue reading →

最近看到朋友圈有人分享了2020年4月24日，北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、生命科学学院白凡与国家癌症中心、中国医学科学院肿瘤医学张海增课题组合作在Nature Communications杂志上在线发表了研究论文：Mapping the spreading routes of lymphatic metastases in human colorectal cancer（人类结直肠癌向淋巴系统转移的路径研究）。 Continue reading →

我喜欢把TCGA数据库的应用划分为8个领域：

• 1、探索各类肿瘤不同临床特征（性别、年龄、种族、临床分期）的预后（生存曲线）
• 2、探索各类肿瘤与对照的单个分子（mRNA，lncRNA，miRNA，甲基化，蛋白）水平的差异情况（箱线图） Continue reading →

前面我已经学习完了jimmy老师的B站单细胞水平并且提交笔记：处理单细胞? Bioconductor就够用了，希望对大家有帮助哈！

最近刷视频看到了b站jimmy老师又更新了ATAC-seq系列教学指引，赶紧花几天时间follow了一遍！而且把我自己学习笔记分享给大家： Continue reading →

对人和鼠科研项目来说，各种NGS测序数据分析起来都是有成熟的流程和工具，但是并不是使用的物种都是有参考基因组和注释文件的，走流程的前提就需要先测定自己研究的物种的基因组，组装起来。 Continue reading →

最近有粉丝表示，跟着我的最新lncRNA视频学习后，走她自己感兴趣的项目，惊奇的发现，GAPDH这个基因并没有表达量，怀疑是我的芯片探针ID注释有问题。
我勒个去，火都烧到家门口了，必须迎战。
首先，我花了几分钟查看了该文章和数据集 Continue reading →

日常刷文献，看到一个热图，非常长！如下： Continue reading →

在分享我是如何培养学徒的时候，提到了一个很有意思的数据处理故事： Continue reading →

昨天，我们在生信技能树讨论了miRNA-seq数据分析流程，并且提出来了一个问题，就是为什么现在很多流程仍然是使用bowtie而不是bowtie2，见：miRNAseq数据分析这么多年了它的流程也没有固定 Continue reading →

不知道多久以前在朋友圈看到转发分享：因为疫情，Johns Hopkins的Project Muse 限时免费，包括普林斯顿、康奈尔、乔治亚、哈佛、港中文、ACA、Early Theatre等40多家出版社基本都开放了自己的电子资料库，共有近24000本原版英文书，282本期刊。 链接是：https://about.muse.jhu.edu/resources/freeresourcescovid19/ Continue reading →

免疫组库测序（Immune Repertoire Sequencing，IR-Seq）是非常小众的产品，并不属于TCGA的7种数据（WGS,WES,RNA-seq,miRNA,450K等等），所以我并没有在B站录制公益教学视频。
有趣的是，最近突然接到了一些粉丝求助，关于免疫组库数据处理的。所以就系统性的整理一下相关知识点，并且带领大家实战演练一个完整的免疫组库测序数据项目分析流程哈。 Continue reading →

有学徒提问，根据我b站课程，知道了org.db包是有规律的，比如： Continue reading →

《道德经》“玄之又玄，众妙之门”

gsea和gsva算法大家应该是都很熟悉了，我也多次讲解：

• GSEA分析一文就够（单机版+R语言版）

• GSEA的统计学原理试讲

• GSVA或者GSEA各种算法都是可以自定义基因集的 Continue reading →

众所周知，我们生信技能树的教学团队提供的付费产品服务就两个：

• 生信爆款入门-全球听（买一得五）（第4期），你的生物信息学入门课
• 数据挖掘第2期（两天变三周，实力加量），医学生/临床医师首选技能提高课 Continue reading →

又是一个年度更新帖，主要是看到了粉丝留言，对我前面(2018及2019年)分享的个人计算机推荐 信息的更新： Continue reading →

不知道多久以前在朋友圈看到转发分享：因为疫情，Johns Hopkins的Project Muse 限时免费，包括普林斯顿、康奈尔、乔治亚、哈佛、港中文、ACA、Early Theatre等40多家出版社基本都开放了自己的电子资料库，共有近24000本原版英文书，282本期刊。 链接是：https://about.muse.jhu.edu/resources/freeresourcescovid19/ Continue reading →

前些天为了帮助广大粉丝度过难关，所以开放了生信技能树全平台的招聘信息，见：还说啥呢，继续免费啊，而且里面还有一个是：购买入门级服务器免费送Linux直播培训服务，有粉丝留言说之前我们还赠送服务器的，现在居然还要自己购买，这免费活动不诚心啊！我连忙删除了这个留言还把它拉黑！ Continue reading →

非常多的粉丝在我们生信技能树后台留言询问，为什么他/她关注的基因明明是癌基因，明明是在肿瘤病人高表达（TCGA数据库搜索后的结果），但是却发现它对生存的影响居然是保护因子！（同样的网页工具）

所以我这里安排一个学徒作业，大家需要去下载TCGA数据库的BRCA这个癌症的芯片和RNA-seq的表达矩阵，分别进行差异分析，拿到统计学显著的上下调基因列表。 Continue reading →

任何一个编程语言， 要想足够好用，都必须要有完善的代码调试机制，毕竟谁写代码还不碰到几个bug呢。

比如R语言编程，简单的R代码调试，其实靠head，str，help函数即可。所以我从强调初学者应该是要至少把这3个函数敲1000遍以上。比如，群里有人问它的表达矩阵里面的探针ID，跟他准备好的探针ID与基因对应表格， 无法匹配，自己在Excel手动搜索，明明是每一个探针都存在于准备好的探针ID与基因对应表格里面。 Continue reading →