最近给学员新购置一台练习使用的云服务器，在上面测试我们的lncRNA-seq流程的时候，发现一个很有趣的现象。就是使用conda，如下所示创建LncRNA-seq的实战软件环境 Continue reading →

最近看到很多人讨论基于nextflow的nf-core，里面存储了几十种NGS组学数据分析流程哦，而且文章发表在NBT。最早应该是生信技能树的学习大使《二货潜》发在朋友圈的，他同时也推荐了 加拿大生物信息学研讨会资源宝藏 。然后我看到生信技能树的宝藏男孩《唐医生》在 [菜鸟团一周文献推荐（No.50）] Continue reading →

我们生信技能树联盟的关注粉丝已经有十多万了，作为创始人的我非常开心看到这么多人认可我们生信技能树的努力，通过我们的教程提升了自己。虽然，绝大部分粉丝都已经跨越了这个入门阶段，但还是希望你花时间看完这个活动，推荐给有需求的朋友。 Continue reading →

刚才b站提醒我可以参加他们的《新星计划·垂直赛道寻找各品类5万粉以下的优质UP主》，原来我一直引以为傲的10万加视频播放量在b站连个星都算不上，O(∩_∩)O哈哈~ Continue reading →

单细胞水平的研究无疑是近些年（2018-2022）的科研热点，但是科研热点大家都明白，早期不投资的话那些低垂的果实就没有你的份。投资晚了，热点技术就会常规化，到时候还是比拼科研想法了。

• 2013年，单细胞测序就已经被Nature Methods 杂志评选为生命科学领域年度技术。 Continue reading →

昨天学徒推荐了一本书：《高通量测序技术在肺癌领域的应用》，觉得讲NGS应用实例挺好的，强烈要求我推荐给所有生信技能树的粉丝！

而且在微信读书APP里面可以免费浏览：https://weread.qq.com/web/reader/4df323307193c1ec4df6715 Continue reading →

今天在群里看到一个提问，很有趣，好像是有一个网页工具可以把fastq格式转为phylip格式。我虽然没有使用过这个软件，但是我觉得这个提问，可能是忽略了计算过程，直接说结果。应该是问题本身就错误的。 Continue reading →

前面我的学徒的一则推文：不同数据来源的生存分析比较 , 代码细节和原理展现做的非常棒，但是因为学徒对TCGA数据库知识不熟悉，所以被捉到了一个bug，先更正一下： Continue reading →

都介绍到单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较部分了，10讲就告一段落了，大家可以回看仔细品读。后面的分析其实都是个性化的了，取决于课题设计，假说，生物学背景知识，而且需要学习大量的R包。 Continue reading →

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群，基本上跑的都是标准代码，里面很多细节参数是需要自己慢慢摸索的。保证单细胞转录组表达矩阵质量ok啦，而且需要去除了各种混杂因素。 Continue reading →

前面我们一起学习到了单细胞转录组数据的降维聚类分群，而且拿到的亚群，也可以解释其生物学意义，见：单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 Continue reading →

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析，而且了解了自己的项目的样本数量和测序量，还过滤了不合格的细胞和基因， 系列教程目录如下：

• 01. 上游分析流程
• 02. 课题多少个样品，测序数据量如何
• 03. 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要）
• 04. 过滤线粒体核糖体基因
• 05. 去除细胞效应和基因效应 Continue reading →

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析，而且了解了自己的项目的样本数量和测序量，还过滤了不合格的细胞和基因， 教程目录如下：

• 上游分析流程
• 课题多少个样品，测序数据量如何
• 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要）
• 过滤线粒体核糖体基因 Continue reading →

前列腺癌是一种相对惰性的恶性肿瘤，但是一旦其进入晚期，治疗将会变得十分棘手。虽然大多数晚期前列腺癌患者对内分泌治疗都有很好的反应，但在治疗18～24个月后几乎所有患者最终都将进展为去势抵抗性前列腺癌（CRPC），而一旦进展为CRPC，一半患者将难以活过两年。因此，识别哪种前列腺癌更易进入CRPC，并对此及早进行积极的综合治疗是延长生存期的重要环节。 Continue reading →

本文首发于生信菜鸟团公众号，直达链接是https://mp.weixin.qq.com/s/NaZ5kz3ew2O01cFEnK8sXg

今天接到浙江大学的学徒求助，他在学习 TooManyCellsR 包和 too-many-cells 软件的过程中遇到了一个很有趣的问题，就是这个软件的输入必须是 cellranger 的三个结果文件，matrix.mtx，barcodes.tsv 和 genes.tsv。而有些公共数据并不会提供3个数据，比如: SE117988_raw.expMatrix_PBMC.csv.gz , 就是 10x的表达矩阵。 Continue reading →

我一直强调，编程基本功必须得看工具书，而且是需要看五本以上，甚至部分书籍需要看五遍以上！比如我在生信分析人员如何系统入门R(2019更新版) 里面给初学者的知识点路线图如下： Continue reading →

昨天我们生信技能树分享了 TCGA数据库免疫相关文件下载大全，里面给出来了2018年4月Immunity杂志上发表的文章The Immune Landscape of Cancer 整理好的49G的TCGA数据库文件，其中一个是甲基化信号值矩阵，单个文件就39G。 Continue reading →

发表在2017年10月的NC文章：Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing 用10X单细胞转录组测序来探索小鼠的乳腺发育情况，包括了4个发育阶段： Continue reading →

统计学的重要性毋庸多说，基本上NGS数据分析的每个环节参数的把握，每个图表的理解背后都是统计学背景知识。当然了，对大量入门级别玩家，暂时可以不要考虑那么多，先跟着我在生信技能树的教程肝下去，走出一个完整项目再说。但是大量中高级玩家的需求我们也得满足啦，很久以前我们整理过：统计学回顾（精华目录收藏）（statquest+协和八+ NGSHotpot），可以说啃这块统计学硬骨头是提升自己的生信段位不二选择！ Continue reading →

我们前面教程：450K芯片上面的甲基化探针到底需要进行哪些过滤 已经强调过了甲基化芯片数据分析的一些注意事项，以及标准代码，共享了大量的学习资料。也分享了一篇甲基化芯片文献的标准图表，现在需要进行数据挖掘了。 Continue reading →