昨天上午在群里看到有小伙伴问了一个很有意思的问题，就是cox生存分析结果也可以火山图可视化，而且他提问的方式值得鼓励，所以我回答了他，并且把代码分享出去了。 Continue reading →

前面我在生信技能树分享过 批量cox生存分析结果也可以火山图可视化 介绍了火山图的基础认识，同时也给了大家代码可以批量做cox分析，并且绘制出来火山图。 Continue reading →

我们的免费数据分析活动吸引了大量的粉丝， 这个春节我一个人就做了一百多个项目，很充实！如果你也需要免费的数据分析，直接看文末。

一个看似很复杂的项目

今天我们分享其中一个数据分析委托任务，粉丝来信是给我一个参考文献，想在LUSC里面重复下面这个LUAD结果。 Continue reading →

相信TCGA和ICGC对搞癌症多组学研究的朋友们来说，应该是不陌生了：

• The Cancer Genome Atlas (TCGA)
• International Cancer Genome Consortium (ICGC)

海量的数据对绝大部分研究者来说只能是望洋兴叹，所以英国癌症中心一直在为推广NGS技术产生的各种各样的数据分析而努力，近3年的生信暑期学习班含金量颇高。而且在朋友圈看到好几个人分享这个生信暑期学习班，有必要我在生信技能树也专门分享一下。 Continue reading →

一眨眼，我们单细胞天地又持续输出了一年，但是我们团队毕竟不是科研服务公司，没有人付费养着我们做研发。所以现有团队时间和精力实在是有限，尤其是单细胞领域高速飞奔，CNS文章发表的速度远超我们能提供的详细解读速度！ Continue reading →

本期我们学习的文章是Integrated transcriptomic analysis of distance-related field cancerization in rectal cancer patients ，文章思路如下图所示：取肿瘤不同距离处样本，测序，找到表达量与距肿瘤远近相关的基因，然后进行功能注释、生存分析等等。

学习任务是：用lme4构建线性混合效应模型，找到表达量与距离相关的基因。 Continue reading →

以下笔记分享来自于2019-11月学徒：

因为国内需要下载GEO芯片原始数据，但是下载速度真的感人，只有几k。老是找海外的朋友又觉得不好意思，所以就看看github大神有没有什么办法，果然找到了！！！ Continue reading →

昨天我们在生信技能树解读了 从招聘信息看一个合格的生信工程师该会哪些 ，朋友圈有一小撮人冷嘲热讽，说辛辛苦苦学了那么多，工资也就万把块钱每个月。我就呵呵，谁让你当年选择了生物呢？本来应该是去卖保险信用卡股票期货的你，因为遇到了生信，有幸找到一份养家糊口的工作你还得寸进尺？好不容易你才走入了社会正常运转的一环，成为一个不可或缺的螺丝钉，对没有背景的你来说，已经是鲤跃龙门啦！ Continue reading →

原文链接在微信：https://mp.weixin.qq.com/s/KZ0H8BtMgAH4iActOuDLIA
自我隔离在家一个多月了，除了最开始号召粉丝在家里看视频搞学习，分享了 华清大学、京北大学联合发现：#学习R语言之数据挖掘可抑制新型冠状病毒#，因为确实宅家是目前有效的防范冠状病毒的手段之一。 Continue reading →

很多粉丝一直有一个疑问，为什么我全部的教程免费在生信技能树，生信菜鸟团，单细胞天地，而教学视频免费在B站，YouTube等。偏偏一个简单的生信入门反而收费，不过是讲解最基础的R包安装，数据类型，数据结构，函数，循环这样看起来烂大街的知识点而已。

• 详见：全国巡讲全球听（买一得五） ，你的生物信息学入门课！ Continue reading →

很多粉丝在询问是否能参加我们的 全国巡讲全球听（买一得五） 课程都喜欢问一个问题，自己的电脑比较旧了，能否跟得上课程。其实呢，如果仅仅是从授课角度，4G内存的电脑都ok的，但是你学了生物信息学这么强大的技术，如果还使用那么烂的电脑，我感觉你会陷入巧妇难为无米之炊的尴尬处境。早在两年前我就分享过 个人计算机推荐，然后很多人就此次抛弃了Windows，投入Mac的怀抱，但是呢，第一步居然把自己的Mac电脑安装一个Windows操作系统？？？ Continue reading →

我们在单细胞天地发布的全网第一个单细胞转录组课程，精炼了常规单细胞转录组数据分析主线，就是5大R包， scater,monocle,Seurat,scran,M3Drop，然后10个步骤：

• step1: 创建对象

• step2: 质量控制

• step3: 表达量的标准化和归一化 Continue reading →

我们生信技能树团队美女设计师在公众号发布了一个好玩的游戏，欢迎参与：https://mp.weixin.qq.com/s/h17jpmyqf-t1pFgjW78dHQ
早在四年前我建立生信技能树论坛时候，就架构好了一个生信工程师成长框架，对应着我们生信技能树论坛的各个板块，再次汇总一下： Continue reading →

我特别喜欢生信菜鸟团专栏作者的模式，可以让我学到很多知识，我一直强调一个人的力量实在是有限的，哪怕是我这样有着非凡天赋以及远超常人的毅力，也只能是在过去的五年里完成1.3万篇教程，涵盖生物信息学的176个分析要点。但是生物信息学受生物学拖累，这个21世纪的学科，即使我如此努力，仍然是完成了不到1%的知识整理，如果没有团队， 我们的生信技能树计划估计在我有生之年是看不到完成的希望了。 Continue reading →

前面我们已经介绍了：使用monocle做拟时序分析（单细胞谱系发育） 然后回答了一个学员的问题: 拟时序分析的热图提取基因问题 ，但是因为大家对monocle包的说明书不熟悉，对R不熟练，以至于无法个性化处理monocle的各种中间结果，所以问题是多种多样。 Continue reading →

昨天我在单细胞天地讲解了使用monocle2进行拟时序分析的方法，基本上跟着我的代码走一波就可以学会了，当然具体参数理解需要自行发力哦，见：使用monocle做拟时序分析（单细胞谱系发育） 用法只是最基础的知识而已，更多的时候，我们需要活学活用，比如课程学员提到的问题，就是因为做不到活学活用，他想知道下面的拟时序分析的热图提取基因，学员把基因按照发育顺序绘制了热图，而这些基因被他分成了3组，想拿基因去做GO/KEGG等数据库进行功能注释，不知道如何获取基因名字。 Continue reading →

前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程 。
但是我留下了一个疑问给读者，就是甲基化信号值矩阵的差异分析策略抉择问题。而且甲基化信号值矩阵有3个层次的差异分析：DMP，DMR，DMB： Continue reading →

我特别喜欢生信菜鸟团专栏作者的模式，可以让我学到很多知识，我一直强调一个人的力量实在是有限的，哪怕是我这样有着非凡天赋以及远超常人的毅力，也只能是在过去的五年里完成1.3万篇教程，涵盖生物信息学的176个分析要点。但是生物信息学受生物学拖累，这个21世纪的学科，即使我如此努力，仍然是完成了不到1%的知识整理，如果没有团队， 我们的生信技能树计划估计在我有生之年是看不到完成的希望了。 Continue reading →

今晚我们生信技能树的学习大使《二货潜》神神秘秘的甩给我一个GitHub资源链接，里面有一份非常好的数据分析学习资料：加拿大生物信息学研讨会，而且笃定我们生信技能树以前没有分享过。确实我在生信技能树写了1.3万篇教程，还真记不清楚我以前有没有分享过。但是最近我们就分享过两个类似的资源： Continue reading →

这两天在筹备给中科院上海生化细胞所曾安研究组招聘生物信息学相关人才，就跟曾老师多聊了几句（画外音，很多人也喊我曾老师，感觉两个曾老师聊天有点诡异），尤其是他2018年cell的单细胞转录组文章，关于涡虫（planarian），我看到了同一时间段，在science居然也有两个研究涡虫（planarian）的单细胞转录组文章，有点意思。 Continue reading →