单细胞水平的研究是仅次于NGS的一次生物信息学领域的革命，同样的随随便便发CNS的黄金时期也过去了，现在想发高分文章，拿多个病人的多个样本进行单细胞转录组测序是非常正常的，比如下面的： Continue reading →

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因为单细胞目前比较贵，单个10x样本还是在3万左右的费用，大多数课题组就是想尝个鲜，不会测太多样本。如果你看完目前的近1000篇10x单细胞转录组文章就很容易发现规律，从2017到2020，样本量要求是越来越多了，而且想发CNS级别文章，样本数量也要上得去。 Continue reading →

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析，而且了解了自己的项目的样本数量和测序量，还过滤了不合格的细胞和基因， 教程目录如下：

• 上游分析流程
• 课题多少个样品，测序数据量如何
• 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） Continue reading →

现在一起看看拿到表达矩阵后有一个很重要的质控过程，就是根据一些阈值来过滤不合格细胞和基因。细胞的不合格很容易理解， 可能是那个细胞检测到的基因数量太少，或者太多，也许是那个细胞的文库大小异常，都是需要谨慎考虑是否管理它。 Continue reading →

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如果你想亲手分析自己的数据，生信技能树联合单细胞天地也推出了：7个小时的单细胞转录组视频课程（限时免费） 足足7个小时，34集，涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系，希望能够帮助到你的课题哦！ Continue reading →

生信技能树联合单细胞天地也推出了：7个小时的单细胞转录组视频课程（限时免费） 足足7个小时，34集，涵盖了单细胞转录组背景知识以及数据处理的知识体系，但视频录制是两年前了，考虑到单细胞领域翻天覆地的变化速度，很多新分析方法，新的R包出来了，非常有必要推送一些新资料给到大家。当然了， 大体分析策略仍然是有效的。 Continue reading →

前面我们提到过：蛋白质组学数据一般共享在proteome xchange网站
这次又接触了一下代谢组学数据，看的文章是 Cell. 2019 May 2;177(4): 里面提到　Data and Software Availability Lipidomics data on liver fractions have been deposited in the EMBL-EBI under accession code MTBLS600. 我就留意了一下这个数据库和ID。 Continue reading →

昨天在某生物信息学交流微信群，看到有朋友宣传了免疫学大牛迟洪波教授实验室招生信工程师的信息，链接是：https://careers-stjude.icims.com/jobs/5863/bioinformatics-analyst-ii/job

粗看一下，要求确实不低： Continue reading →

身为一个地地道道的湖北人，但实际上我自从考上大学其实就没怎么在春节这样的假期回去，所以这次算是有幸“躲过一劫”，但这并不影响我对疫情的关注，而且确实也躲不过去铺天盖地的新闻，各种反转，甚至还有人创作了一部魔幻现实主义的大剧： Continue reading →

看到一篇PLoS One 2014的文章，标题是 Integrated analysis of differential miRNA and mRNA expression profiles in human radioresistant and radiosensitive nasopharyngeal carcinoma cells，很简单的一个研究，就是找NPC和对照的表达差异，涉及到miRNA 和 mRNA 两种分子。 Continue reading →

看到发表在nature的 Article | Published: 23 October 2008 ，文章标题很简单，是： Somatic mutations affect key pathways in lung adenocarcinoma ，NGS领域以及TCGA计划新秀，大名鼎鼎的Li Ding 是这篇文章的一作。现在如果你检索一下肺癌相关肿瘤外显子研究的话，简直不要太多，肺鳞癌以及肺腺癌都是。 Continue reading →

以下笔记分享来自于2019-11月学徒：
最近在安装 FACETS 的包，一直报error，脑壳疼。网上各种方法都尝试了，根本没有用！！还好跟着生信技能树Jimmy老师的推文一个一个解决掉了，深切感受到了大神一句话，菜鸟跑半年！

1.下载

因为mskcc/pctGCdata这个R包在GitHub上面，有100多m，实在是太大了，用传统的方法根本下载不下来，还好科学上网之后，多次尝试手动下载到本地搞定了。 Continue reading →

早在三年前我就整理并且制作了TCGA肿瘤数据库知识图谱视频教程，一年半前免费公布在生信技能树的B站，现在勉勉强强也快有两万的观看量。

• 视频地址：https://www.bilibili.com/video/av49363776
• 代码地址：https://github.com/jmzeng1314/tcga_example

阅读量如下：

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终于做了这个决定，把我们的单细胞转录组视频课程限时免费！是真的免费，不玩虚的！
前天在生信技能树以及单细胞天地公众号及社区跟大家讨论了，开源一些视频，也为抗击SARS-CoV-2引起的急性呼吸疾病 COVID-19做贡献，毕竟 华清大学、京北大学联合发现：#学习R语言之数据挖掘可抑制新型冠状病毒#，是目前有效的防范冠状病毒的手段之一。 Continue reading →

最近在做illumina的甲基化芯片数据处理知识整理，所以看了不少文献咯，发现甲基化探针到底需要进行哪些过滤这么一个小细节，值得探讨的却很多。欢迎大家加入我们的讨论群：一个甲基化芯片信号值矩阵差异分析的标准代码 ，我整理的资料，都在群里共享。 Continue reading →

生物信息学必备计算机背景

书籍贪多不烂，必买工具书如下，每个读5遍以上，或者买同类书籍5本，总之想方设法打牢基础！

• R语言之书 编程与统计 https://book.douban.com/subject/33418263/
• Linux命令行与shell脚本编程大全.第3版

视频必须强推生信技能树近30万学习量的基础合辑：https://space.bilibili.com/338686099/#/ Continue reading →

看到数据集 GSE103115，是关于：Cisplatin-induced gene expression changes in triple-negative breast cancer (TNBC) cells，是4种三阴性乳腺癌细胞系的同一个药物的不同时间的转录表达水平效应，每个处理是2个生物学重复。这个数据集发表在Cell Rep. 2019 Aug ，题目是：Modeling of Cisplatin-Induced Signaling Dynamics in Triple-Negative Breast Cancer Cells Reveals Mediators of Sensitivity. 分析策略的确是蛮有意思的。 Continue reading →

我写了部分常见的TCGA数据库用法：

• TCGA的28篇教程-免疫全景图
• TCGA的28篇教程-指定癌症查看感兴趣基因的表达量
• TCGA的28篇教程-对TCGA数据库的任意癌症中任意基因做生存分析
• TCGA的28篇教程-风险因子关联图-一个价值1000但是迟到的答案 Continue reading →

nature杂志的TECHNOLOGY FEATURE 栏目在13 JANUARY 2020发表了一个有趣的小短文：Eleven tips for working with large data sets，副标题是：Big data are difficult to handle. These tips and tricks can smooth the way.
我简要概括一下： Continue reading →