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单细胞大样本也不好发出去了
2013年，《Nature Methods》杂志将单细胞测序列为年度技术。
2013年，《Science》杂志将单细胞测序列为年度最值得关注的六大领域榜首。
与此同时，随着测序成本的下降，越来越多的单细胞的文章发表在顶级的期刊上，这些都表明单细胞测序已经成为科研的热点。 但是并不意味着冲向这个领域就有CNS，哪怕花了几百万经费测大量单细胞转录组数据。尤其是某些癌症领域，已经有了几十个单细胞相关研究发表，如果确实从实验设计和数据角度来看都平淡无奇，那么很可能大量单细胞的转录组数据也不是很好发出去。 Continue reading
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单细胞转录组数据分析大放价 （疫情期间不打烊）
2020年开局有点难，不知道是天灾还是人祸的新冠病毒疫情打的中小企业是措手不及。我五年前在深圳的同事，又在华大工作了三年，好不容易才找到机会回到家乡小城市且找到生信对口工作，兢兢业业工作了两年。贷款买房，结婚生子，昨天初为人父的他接到老板电话说要砍掉一半的工资，基本上等于变相逼他离职了。 Continue reading
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都2020年了你还在用tophat吗
五年前我在生信菜鸟团博客写过一个《RNA-seq流程需要进化啦》，上面分享过：
Tophat 首次被发表已经是6年前
Cufflinks也是五年前的事情了
Star的比对速度是tophat的50倍，hisat更是star的1.2倍。
stringTie的组装速度是cufflinks的25倍，但是内存消耗却不到其一半。 Continue reading
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对转录组测序的counts矩阵去除批次效应
关于RNA-seq，我们在生信技能树应该是至少推出了400篇教程，而且是我们全国巡讲的标准品知识点，其中还有一个阅读量过两万的综述翻译及其细节知识点的补充：
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多个表达矩阵文件合并
今天群主给了我们学徒一个任务，下载数据集：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE84073
我想看到，HCC，CHC，CC这3组，跟healthy的分开比较，然后出3个火山图，3个热图。那么首先需要下载counts值矩阵，样本信息如下： Continue reading
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干扰一个基因分析全局基因表达其实是无法定位该基因完整功能
目前主流探索全局基因表达的技术就是芯片和测序了，不管是编码蛋白的基因，还是其它表观相关分子，比如：
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根据感兴趣基因看肝癌免疫微环境的T细胞亚群差异
在单细胞水平探究肝癌免疫微环境研究领域里，最早且出名的就是北大张泽明教授团队发表在Cell. 2017 Jun 的文章：Landscape of Infiltrating T Cells in Liver Cancer Revealed by Single-Cell Sequencing.，他们测序策略是： Continue reading
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甲基化的一些基础知识
前面我们系统性的总结了circRNA的相关背景知识：
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甲基化芯片的一般分析流程
前面我们系统性的总结了circRNA的相关背景知识：
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甲基化芯片数据的一些质控指标
前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程 。 Continue reading
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甲基化芯片数据下载的多种技巧
数据是一切的开始，万事开头难哦！
前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程 。 Continue reading
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甲基化芯片数据下载如何读入到R里面
数据是一切的开始，前面我们介绍了一些背景知识，主要是理解什么是DNA甲基化，为什么要检测它，以及芯片和测序两个方向的DNA甲基化检测技术。具体介绍在：甲基化的一些基础知识，也了解了甲基化芯片的一般分析流程 。既然要开始甲基化芯片数据挖掘实战，那么首先要有数据咯！需要区别的是甲基化芯片样本的idat原始文件，以及甲基化信号值矩阵。前面我们介绍了如何在GEO里面下载甲基化数据，拿到的数据文件必须要导入到R里面才能分析，现在我们就讲一下不同数据如何导入R里面。 Continue reading
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甲基化信号值的差异分析也许不应该是看logFC
最近在系统性整理DNA甲基化相关文献，也顺便在生信技能树分享教程：
- 甲基化的一些基础知识
- 甲基化芯片的一般分析流程
有意思的是，甲基化分析其实和普通的mRNA表达矩阵分析有很多概念问题是无法迁移的，包括质量控制，WGCNA分析，哪怕是简单的差异分析都有区别。 Continue reading
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甲基化信号值矩阵差异分析主要图表
差异分析永远是最平易近人的策略，我们前面整理的各种系列教程，miRNA的，lncRNA的，mRNA芯片或者测序，circRNA系列的，都会得到表达矩阵，然后走差异分析。只不过是不同统计学分布的表达矩阵，后续使用不同R包而已，得到的差异分析结果的解释又取决于生物学背景，是否了解circRNA等分子。 Continue reading
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免费的数据分析付费的成品代码
我们推文里面提到的各种各样的数据分析环节都是我非常有经验的，比如我在lncRNA的一些基础知识 ，和lncRNA芯片的一般分析流程 介绍过的那些图表，以及下面的目录的分析内容 对我来说是举手之劳，希望可以帮助到你！ Continue reading
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明码标价但是数据分析偏偏免费
因为众所周知的原因，整个春节只能宅在家里，所以我们公布了免费的数据分析活动。这些天忙得我团团转，每天都得处理几十个数据分析项目，感觉自己干一天就顶一个小公司一年了。 Continue reading
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明明解决了gfortran问题但是仍然安装WGCNA失败
最近升级了R，全部R包需要批量安装，所以有了昨天的教程：批量安装R包小技巧大放送 但是总会有一些R包安装失败，比如大名鼎鼎的WGCNA Continue reading
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乳腺癌单细胞水平的病理特征研究
2013年，“单细胞测序”被nature杂志选为“年度技术”，以突出这项技术可以对单个细胞进行DNA和RNA测序，进而让科学家能够推断不同细胞的生物学差异。从此单细胞测序飞速发展，扩大了我们对细胞异质性及其对细胞功能的影响的认识，我们单细胞天地也是这两年集中火力系统性整理了大量单细胞数据分析经验。 Continue reading
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生物信息学数据分析免费做活动大扩散
欢迎所有生信技能树、生信菜鸟团的朋友分享这个生物信息学数据分析免费做活动，让你提前体验到数据分析的魅力，希望这样，你能完成我 2020学习主旋律，B站74小时免费教学视频为你领路 的学习，给你一些动力！ Continue reading