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招聘都需要有项目经验肿么办

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借第一届生物信息学人才大会的契机
我们给大量有招聘需求的企业及科研单位和我们的十多万生信工程师建立了连接，然后发现一个很有趣的问题：就是招聘方通常是要求有项目实战经验，但大量的工程师都是初出茅庐，虽然不少是生物信息学专业科班出身，但是才走出象牙塔的他们也的确没有什么机会实战，那么我们就讨论一下，这个项目实战经验的问题！ Continue reading →

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用ffmpeg转mov为mp4格式

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通常我们的MAC录制视频后文件都非常大，15min的视频可以达到2G大小，所以需要转换和压缩，但是不能降低太多的分辨率。 这里我的御用视频编辑师推荐了一款非常轻量级的命令行工具FFmpeg可以做到，下面是FFmpeg的简短介绍： Continue reading →

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一起分析中国人的TNBC队列

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看到标题进来的，肯定是知道TNBC（三阴性乳腺癌）的定义的，详见：https://mp.weixin.qq.com/s/wWFYLBIfexaP1PuhqgcA9w
乳腺癌是高度异质性疾病，临床分期及病理分级相同的患者对治疗的反应和预后大不相同。
但是目前仍然是根据临床病理特点如HER2表达、雌激素受体状态、肿瘤大小、分级和淋巴结转移等选择辅助治疗，包括化疗，内分泌治疗，抗HER2治疗等。 Continue reading →

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统计学10讲之示例数据

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本来有statquest珠玉在前，我实在是提不起笔和勇气写统计学专题，但是最近直播单细胞转录组数据分析发现这系列知识点实在是太重要，而我的习惯是，讲不清楚的知识点不认为自己掌握了，所以还是尝试着介绍一波。 Continue reading →

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使用DSS包多种方式检验差异甲基化信号区域

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一个背景

哺乳动物基因组CpG位点通常集中在称为CpG岛（CpG island，CGI）的区域中，并且已知人基因启动子约60％含有CpG岛。CpG岛上下游不超过2000个碱基对（2kb）的基因组区域称为CpG“岛岸”（shores），其中CpG shelves指位于CpG shores 上下游2kb以内的区域，open sea指CpG islands、CpG shores和CpG shelves之外的其他区域。这4种情况形成了CpG resort，CpG位点的密度从island到open sea递减。 Continue reading →

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生信软件操作视频教程大赛

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楔子

朋友圈偶然看到由信息中心生命科学图书馆联合营养与健康院团委、研究生会、中科院创新创业俱乐部举办的2019年度生物软件操作视频征集大赛，虽然是生物软件操作大赛，但是里面列出来的几乎都是生物信息学软件，而且很多让人眼前一亮的名字，让我觉得非常欣慰，这些年的坚持努力推广生物信息学知识没有白费。 Continue reading →

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你只有9例病人肿么办

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现在做肿瘤队列研究，纳入病人数量不过百都不好意思出来交流了，但是，并不意味着你的样本数量少，你的研究就没有意义，当然，部分稀有癌症本来就不可能是样本量大。
但是假如你做的并不是稀有癌症，又的确没有经费或者其它条件不允许，只能说是不到10个病人，数据也出来了，仍然是想发出去肿么办？ Continue reading →