体细胞突变（somatic mutation）是指患者某些组织或者器官后天性地发生了体细胞变异，虽然它不会遗传给后代个体，却可以通过细胞分裂，遗传给子代细胞。体细胞突变对肿瘤的发生发展有关键性的作用，并且它也是制定肿瘤癌症靶向治疗措施的关键所在。NGS使体细胞变异的检测更加全面，成本更低，在检测多种体细胞变异上具有很大的优势，但在使用过程中还存在着挑战：如样品降解、覆盖度不足、遗传异质性和组织污染（杂质)等问题。 为应对以上挑战，降低错误率，科学家采取了不同的算法和统计模型用于检测体细胞突变。目前最受欢迎的有Varscan、SomaticSniper、 Strelka 和MuTect2 。
TMB (Tumor mutation burden)的定义：癌症样本全基因组中去除胚系DNA变异后体细胞突变数目。比如Lawrence,MS团队在Nature上发表的研究中，将超过100个突变/Mb称之为高TMB。 Continue reading
这里我用的参考基因组版本仍然是hg19，所以去CCDS数据库里面下载对应版本，并且格式化成BED文件。
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/CCDS/archive/Hs37.3/CCDS.20110907.txt cat CCDS.20110907.txt |perl -alne '{/[(.*?)]/;next unless $1;$exons=$1;$exons=~s/\s//g;$exons=~s/-/\t/g;print "$F[0]\t$" foreach split/,/,$exons;}' >hg19exon.bed
首先在UCSC的table browser 里面下载下面这个文件：
github极简指南
入生信的坑已经3年多了，但是开始github的旅程才一年多，起初主要是为了建立bioconductor中文社区而学习的，现在也在自己的github上面分享了不少代码，有一些心得体会，欢迎大家前往github star我的项目
以前胡兄为我们生信技能树公众号写一个阿里云服务器处理RNA-seq和ChIP-seq数据(点击阅读)的教程的时候提到了docker这个打包技术，可以迅速的重现一个pipeline。虽然我以前也偶尔看到过这个名词，但是这是它第一次以生物信息学相关角色进入我的知识库。
这么神奇的东东，我岂能错过。下面就简单描述一下我的学习过程及理解： Continue reading
以后只用Rmarkdown写博客啦！
直接点击链接阅读，省掉了图文排版时间，赞~
http://www.bio-info-trainee.com/bioconductor_China/software/DEXSeq.html
在这个博客建立之处，我就公布了自己建站的全流程：菜鸟建站教程三部曲
刚才发现了一个更好的方案：用 R blogdown 搭建个人博客或科研网站
他已经介绍的非常详细了，我就不多说了，大家直接去他博客看哈！
今天又有小伙伴微信问我perl模块安装的问题，因为ENSEMBL发布的大多数数据库以及软件都是基于perl的，尤其是分量很重的VEP，所以即使你再如何如何的讨厌perl，也不得不与之打交道。
这种细节问题问我，我当然无法直接给出答案咯。毕竟，我的知识积累都不是靠死记硬背的。所以需要取回过头查看一下我的博客，才意识到，我竟然已经写了7篇教程，关于perl的模块。目录如下：
首先需要自己确定已经安装了哪些模块，都安装在哪里？还有新的模块需要安装到哪里？
然后再学习如何安装新的模块。
背景：
Diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG) is a universally fatal pediatric cancer.
A histone-3 K27M mutation affects ∼80% of DIPGs and drives aberrant transcription.
早在2015年的83个药物对14个DIPG细胞系的筛选实验中，就发现哪怕是效果最好的multi-HDAC inhibitor panobinostat也会被某些DIPG细胞系产生耐药性。（http://www.biotrainee.com/thread-1599-1-1.html） Continue reading
我看到一篇nature medicine文章里面提到了这个对肿瘤细胞系进行药物筛查文章链接：https://www.nature.com/nm/journal/v21/n6/full/nm.3855.html
首先，肿瘤细胞系是：
We assembled a panel of 14 patient-derived DIPG cell cultures, created using neurosphere and adherent models and obtained from both biopsy and autopsy samples (Fig. 1a), representing the breadth of DIPG cell cultures available worldwide at the initiation of the study. Continue reading
DIPG和 adult glioblastomas (GBMs) 很大区别，不应该用同样的治疗方式。
测序策略是：
We integrated deep sequencing analysis of 36 tumor-normal pairs (20 whole-genome sequencing (Illumina HiSeq 2000) and 16 whole-exome sequencing (Applied Biosystems SOLiD 5500xl)) with comprehensive methylation (28 DIPGs; Illumina Infinium450k methylation array), copy number (45 DIPGs; Affymetrix SNP6.0) and expression (35 DIPGs; Illumina HT-12 v4) data (Supplementary Table 1). Continue reading
这篇文章是Received 29 March 2013, Revised 9 August 2013, Accepted 4 October 2013, Available online 31 October 2013
同时还有17 MAY 2013一篇science文章提到了K27M mutant影响了PRC2活性。
we performed IHC for H3K27me3 in a large cohort of pHGGs with known H3F3A mutation status (n = 104).
Strikingly, all K27M mutant pHGGs (n = 21) showed a strong reduction of overall H3K27me3 levels.
这篇文章就这一个目的，抢这个热点。
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这篇文章最重要的观点是甲基化用来给GBM分组，分成了6组，至于突变什么的，随便讲了讲，反正数据也不给下载。
We identified six epigenetic and biological GBM subgroups displaying distinct global DNA methylation patterns, which harbor unique hotspot mutations, DNA copy-number alterations, and transcriptomic patterns.
分组如下： Continue reading
To decipher the molecular pathogenesis of paediatric GBM, we undertook a comprehensive mutation analysis in protein-coding genes by performing whole-exome sequencing (WES) on 48 well-characterized paediatric GBMs, including 6 patients for whom we had matched non-tumour (germline) DNA.
只有6个患者有NT配对样本，用来找somatic的mutation，结果发现其中4个患者就有H3F3A的突变，但是H3F3A本身是非常保守的，所以这个现象值得研究。
to our knowledge no human disorders have specifically been associated with mutations in histones, including H3.3
所以才扩大了WES测序样本数量。 Continue reading
前些天我们公众号元老，熊，投稿了关于Jbrowse的史上最全介绍，如下：
可能是最全的JBrowse基因浏览器介绍(请点击阅读)
这个现象很奇怪：博客和公众号，都是用的有道云分享出来的图片，结果博客里面的图片挂掉了，微信里面还有！
最为生物信息学痴的我当然不能错过，今天终于找到了空隙时间来体验一把！
全部体验报告如下：
很久很久以前我就写过一个服务器系列教程：http://www.bio-info-trainee.com/555.html
在那里，我留下了一个疑问，因为后来没有机会再继续捣鼓服务器，所以一直悬而未决，问题描述如下： Continue reading
一般来说看链接最后的文件名就知道这篇文章讲的是什么了：