找变异简单点说，就是把高通量测序得到的成千上万条序列片段比对到合适的参考基因组，找到那些成
功比对的片段与参考基因组的微小差异情况。 那么就涉及到存储测序数据的fastq数据格式，比对的工具，比对后的sam格式，找微小差异的工具，差异结果的vcf文件，每个步骤的软件选择，参数 调整。当然，最重要的是走通整个流程，明白自己在做什么。
十
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Tag Archives: 变异
十二
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【直播】我的基因组（十二）:先粗略看看几个基因吧
昨天我们说到，测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format，而BAM就是SAM的二进制文件。通常sam文件太大，我们会生成bam文件来节省空间。sam文件和bam文件的转换用samtools这个软件就可以完成。 Continue reading
十一
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【直播】我的基因组（七）:从整体理解全基因组测序数据的变异位点
简单说一下什么是找变异，变异跟突变有什么区别呢？举个栗子：有国际组织规定了人类的参考基因组（如UCSC,ENSEMBL,NCBI等，前面帖子都有讲)，就是 AAAAA(这里简化一下，就5个碱基，其实人类基因组多达30亿个) 。现在通过给自己测序得知，我与之对应的是AGCAA，那么我相比国际基因组来说，就是2个变异位点，位于基因组的坐标2和3，但是它们还不能说就是突变。 Continue reading
四
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根据dbSNP的ID来转换成HGVS突变表示形式
dbSNP的ID直接在NCBI的dbSNP官网可以看到详细介绍，现在已经更新到146版本了，一般人看到一个ID肯定什么信息都获取不到，毕竟这只是人家NCBI规定的一个ID而已。但是HGVS突变形式就有非常详细的信息了。
人类基因组变异协会（HGVS）官方组织规定了mutation该如何记录：http://www.hgvs.org/mutnomen/recs.html 推荐大家都仔细阅读！！！
一
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华盛顿大学把所有的变异数据都用自己的方法注释了一遍，然后提供下载
华盛顿大学把所有的变异数据都用自己的方法注释了一遍，然后提供下载：
文献是：Kircher M, Witten DM, Jain P, O'Roak BJ, Cooper GM, Shendure J.
A general framework for estimating the relative pathogenicity of human genetic variants.
Nat Genet. 2014 Feb 2. doi: 10.1038/ng.2892.
PubMed PMID: 24487276.
文中的观点是：现在大多的变异数据注释方法都非常单一，通常是看看该位点是否保守，对蛋白功能的改变，在什么domain上面等等。
但这样是远远不够的，所以他们提出了一个新的注释方法，用他们自己的CADD方法把现存的一些公共数据库的变异位点（约86亿的位点）都注释了一下，并对每个位点进行了打分。
C scores correlate with allelic diversity, annotations of functionality, pathogenicity, disease severity, experimentally measured regulatory effects and complex trait associations, and they highly rank known pathogenic variants within individual genomes.
总之，他们的方法是无与伦比的！
所有他们已经注释好的数据下载地址是：http://cadd.gs.washington.edu/download
这些数据在很多时候非常有用，尤其是想跟自己得到的突变数据做交叉验证，或者做一下统计分析的时候！
人的基因组才300亿个位点，他们就注释了86亿！！！
所以有三百多G的压缩包数据，我想，一般的公司或者单位都不会去用这个数据了！