包括如何从GEO下载数据，如何分组，两组直接如何找差异，差异基因如何去注释，包括GO/KEGG注释，还有特殊数据库，自定义数据库的注释，比如oncogene或者tumor suppress genes，TF的gene注释，还有GSEA软件的分析。

然后是对选择好的差异基因去string等PPI数据库拿到网络数据，在R或者cytoscape里面画网络图，然后是用MCODE插件和bioNet包来对网络找sub-network或者module，和hub genes。

就拿GSE42872 这个数据来做例子吧，希望听众具有基础R知识，了解什么是bioconductor，然后具有基础生物学知识，知道什么是基因，什么是表达，什么是通路，什么是富集，什么是注释。

总共10讲，每次半小时，每周3,4,6的晚上十一点开讲！

讲义的草稿如下，如果你能看懂草稿，能自己学会，就不用参加本次课程啦。