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三 15

基因组各种版本对应关系

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我是受到了SOAPfuse的启发才想到整理各种基因组版本的对应关系，完整版！！！
以后再也不用担心各种基因组版本混乱了，我还特意把所有的下载链接都找到了，可以下载任意版本基因组的基因fasta文件，gtf注释文件等等！！！
首先是NCBI对应UCSC，对应ENSEMBL数据库：
GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52.
GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75.
GRCh38 (hg38): ENSEMBL  release_76/77/78/80/81/82.
可以看到ENSEMBL的版本特别复杂！！！很容易搞混！
但是UCSC的版本就简单了，就hg18,19,38, 常用的是hg19，但是我推荐大家都转为hg38
看起来NCBI也是很简单，就GRCh36,37,38，但是里面水也很深！
Feb 13 2014 00:00    Directory April_14_2003
Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.33
Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.34.1
Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.34.2
Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.34.3
Apr 06 2006 00:00    Directory BUILD.35.1
Aug 03 2009 00:00    Directory BUILD.36.1
Aug 03 2009 00:00    Directory BUILD.36.2
Sep 04 2012 00:00    Directory BUILD.36.3
Jun 30 2011 00:00    Directory BUILD.37.1
Sep 07 2011 00:00    Directory BUILD.37.2
Dec 12 2012 00:00    Directory BUILD.37.3
可以看到，有37.1,   37.2，  37.3 等等，不过这种版本一般指的是注释在更新，基因组序列一般不会更新！！！
反正你记住hg19基因组大小是3G，压缩后八九百兆即可！！！
如果要下载GTF注释文件，基因组版本尤为重要！！！
对于ensembl：
变幻中间的release就可以拿到所有版本信息：ftp://ftp.ensembl.org/pub/
对于UCSC，那就有点麻烦了：
需要选择一系列参数：
2. Select the following options:
clade: Mammal
genome: Human
assembly: Feb. 2009 (GRCh37/hg19)
group: Genes and Gene Predictions
track: UCSC Genes
table: knownGene
region: Select "genome" for the entire genome.
output format: GTF - gene transfer format
output file: enter a file name to save your results to a file, or leave blank to display results in the browser
3. Click 'get output'.
 现在重点来了，搞清楚版本关系了，就要下载呀！
UCSC里面下载非常方便，只需要根据基因组简称来拼接url即可：
或者用shell脚本指定下载的染色体号：
for i in $(seq 1 22) X Y M;
do echo $i;
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr${i}.fa.gz;
## 这里也可以用NCBI的：ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/M_musculus/ARCHIVE/MGSCv3_Release3/Assembled_Chromosomes/chr前缀
done
gunzip *.gz
for i in $(seq 1 22) X Y M;
do cat chr${i}.fa >> hg19.fasta;
done
rm -fr chr*.fasta