十二 11

用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-NCBI下载对应关系

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用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor

ncbi现有的GPL已经过万了,但是bioconductor的芯片注释包不到一千,虽然bioconductor可以解决我们大部分的需要,比如affymetrix的95,133系列,深圳1.0st系列,HTA2.0系列,但是如果碰到比较生僻的芯片,bioconductor也不会刻意为之制作一个bioconductor的包,这时候就需要自行下载NCBI的GPL信息了,也可以通过R来解决:

##本质上是下载一个文件,读进R里面,然后解析行列式,得到芯片探针与基因的对应关系,看下面的代码,你就能理解了。 Continue reading