如果我们想新开一个端口给别人访问，我们就需要设置防火墙，比如我想开3838端口给shiny程序使用，下面我重点讲解这个实例，其余开放端口，关闭端口大家继续学习就好。
如果你使用的是ssh远程，而又不能直接操作本机，那么建议你慎重，慎重，再慎重！（一旦你把22端口给搞死了，你就无法登陆你的服务器了！！！）
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Tag Archives: 服务器
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linux服务器管理–系统服务设置命令systemctl
因为买过一个超算云服务器，所以前面我讲过Ubuntu服务器管理系列知识，正好最近要搞了个阿里云，用来做shiny服务器，发现服务器管理居然进化了好多，以前的知识都过时了，再记录一笔吧，真的是学习如逆水行舟，不进则退呀！
我的阿里云服务器版本是CentOS 6.5.，属于（RedHat 7, Ubuntu 15.04+, SLES 12+) 系列，是目前最新版本的服务器管理，所以大家重点是记住这个systemctl 即可：
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ubuntu服务器解决方案第十讲–虚拟机屏幕及联网设置
发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。
很多人可能并没有自己的服务器，那么就只能通过虚拟机来试试ubuntu啦
我想起来我以前玩虚拟机的时候遇到过一些困难，记录了一些，分享给大家， Continue reading
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ubuntu服务器解决方案第八讲–网络服务器配置lamp
发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。
主流的网络服务器配置就是linux+apache+mysql+php咯，简称LAMP
在ubuntu系统里面安装这个是非常easy的
sudo apt-get install apache2 mysql-server mysql-client php5 php5-gd php5-mysql Continue reading
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ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块
此教程可能过期了，请直接看最新版(perl模块安装大全)
发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。
前面我简单写了一个perl的cpan安装模块，但是前些天突然发现有些perl模块在cpan里面找不到，所以又总结了一下不同的perl模块安装方法。 Continue reading
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ubuntu服务器解决方案第六讲-添加环境变量
发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。
在我的第一讲里面，对JAVA的安装，其实就需要添加环境变量，大家可以回头看看！
添加PATH环境变量，第1种方法：
[root@lx_web_s1 ~]# export PATH=/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH
再次查看：
[root@lx_web_s1 ~]# echo $PATH
/usr/local/webserver/mysql/bin:/usr/local/webserver/mysql/bin/:/usr/kerberos/sbin:/usr/kerberos/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/root/bin
说明添加PATH成功。
上述方法的PATH 在终端关闭 后就会消失。所以还是建议通过编辑/etc/profile来改PATH，也可以修改家目录下的.bashrc(即：~/.bashrc)。
第2种方法：需要管理员权限。
# vim /etc/profile
在最后，添加:
export PATH="/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH"
保存，退出，然后运行：
#source /etc/profile，不报错则成功。
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ubuntu服务器解决方案第五讲-配置ssh供远程登录
发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。
同样，这个ssh也非常简单
sudo apt-get install openssh-server
SSH分客户端openssh-client和openssh-server
如果你只是想登陆别的机器的SSH只需要安装openssh-client（ubuntu有默认安装，如果没有则sudo
apt-get install openssh-client），如果要使本机开放SSH服务就需要安装openssh-server
sudo apt-get install openssh-server
然后确认sshserver是否启动了：
ps -e |grep ssh
如果看到sshd那说明ssh-server已经启动了。
如果没有则可以这样启动：sudo /etc/init.d/ssh start 或者 service ssh start
ssh-server配置文件位于/etc/ssh/sshd_config，在这里可以定义SSH的服务端口，默认端口是22，你可以自己定义成其他端口号，如222。
然后重启SSH服务：
sudo
/etc/init.d/ssh stop
sudo /etc/init.d/ssh start
然后使用以下方式登陆SSH：
ssh username@192.168.1.112 username为192.168.1.112 机器上的用户，需要输入密码。
我给七八个虚拟机都配置成功了，但是呢，偏偏别人的一个我始终不能解决，感觉linux里面的学问还是蛮多的
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ubuntu服务器解决方案第四讲-输入法-中文
发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。
这个主要是针对有界面的服务器来说的，不是我们通常意义的ssh登陆，一般ssh登陆的可以把中文复制张贴进去即可。
Ubuntu上的输入法主要有小小输入平台（支持拼音/二笔/五笔等），Fcitx，Ibus，Scim等。其中Scim和Ibus是输入法框架。
在Ubuntu的中文系统中自带了中文输入法，通过Ctrl+Space可切换中英文输入法。这里我们主要说下Ubuntu英文系统中，中文输入法的安装。
安装输入法的第一步，是安装语言包。我们选择System Settings-->Language Support-->Install/Remove Languages，这里面可以选择简体中文
输入密码后，系统会安装简体中文语言包。
第二步，安装完毕后切换到终端，安装IBus框架，在终端输入以下命令：
sudo apt-get install ibus ibus-clutter ibus-gtk ibus-gtk3 ibus-qt4
启动IBus框架，在终端输入：
im-switch -s ibus
安装完IBus框架后注销系统，保证更改立即生效。
第三步：安装拼音引擎
有下面几种常用选择：
IBus拼音：sudo apt-get install ibus-pinyin
IBUS五笔：sudo apt-get install ibus-table-wubi
谷歌拼音输入法：sudo apt-get install ibus-googlepinyin
Sun拼音输入法：sudo apt-get install ibus-sunpinyin
第四步：设置IBus框架
终端输入ibus-setup 此时，IBus Preference设置被打开。我们在Input Method选项卡中，选择自己喜欢的输入方式，并配置自己喜欢的快捷键即可。
第五步：通常情况下，IBus图标（一个小键盘）会出现在桌面右上角的任务栏中。有时候这个图标会自行消失，可使用以下命令，找回消失的IBus图标：
ibus-daemon –drx
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ubuntu服务器解决方案第三讲-perl最新版的安装
发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。
理论上perl是不需要更新，但是我就不巧碰到了这个情况，所以也记录一下
linux下升级系统默认安装的perl版本，不建议先rm
先下载tar.gz ...然後手动安装..default 安装到/usr/local/目录下..
然後修改/usr/bin/perl的symbolic link到/usr/local/bin/perl
下载方式不用说了吧，各显神通，笔者习惯用wget.
所以wget[url]http://www.cpan.org/src/perl-5.10.0.tar.gz[/url] .现在最新是5.20
下载完以后解压安装
#tar zxvf perl-5.10.0.tar.gz
#cd perl-5.10.0
#./Configure -des -Dprefix=/usr/local/perl
参数-Dprefix指定安装目录为/usr/local/perl
#make
#make test
#make install
如果这个过程没有错误的话，那么恭喜你安装完成了.是不是很简单？
接下来替换系统原有的perl,有最新的了咱就用嘛.
#mv /usr/bin/perl/ usr/bin/perl.bak
#ln -s /usr/local/perl/bin/perl/ usr/bin/perl
#perl –v
然后就可以了用它来安装一些其它你需要的perl模块了
#perl -MCPAN-e shell
第一次执行的话，会提示安装cpan并要求连接网络下载最新的模块列表.然后就可以安装东西了
cpan[1]> install DBI
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ubuntu服务器解决方案第二讲-R程序包最新版的安装
发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。
首先，如果你的服务器里面有旧的R，那么删除Linux Ubuntu系统中原有的R软件包，代码如下：
sudo apt-get autoremove r-base-core # 删除系统中原有的R软件包
接下来，随便找到一个Ubuntu的软件源镜像
（http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu/ )
因为看我教程的大部分在国内，所以我拿北京大学举例子。
当然，厦门大学也很赞，http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/xenial/ 不过，版本代号一定药搞清楚哦。
PS(2017/12/20, 没想到随便找到来一个，就挂掉了，唉：
厦门大学不再提供R语言镜像
)
Linux Ubuntu 12.04对应的名字是 precise，
ubuntu14.04，那么就应该是 trusty
ubuntu15.04 ，其代号为 vivid
Ubuntu 16.04 LTS，代号为Xenial Xerus（非洲的一种地松鼠），于UTC时间2016年4月21日正式发布。
比如我的Ubuntu 12.04就需要进入到 precise/目录，找到r-base-core相关的文件，发现有多个R的版本。
把这个软件源，增加到apt的sources.list文件中，代码如下：
deb http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/linux/ubuntu precise/
其余的ubuntu版本类似即可：
在/etc/apt/sources.list文件最下面，新加一行
~ sudo apt-get update # 更新源
~ sudo apt-get install r-base-core # 再次安装R语言软件包
~ R –version # 检查R的版本
这时我们就安装了最新的R语言版本—3.0.3版。
require(ggplot2)
Loading required package: ggplot2
Failed with error: ‘package ‘ggplot2’ was built before R 3.0.0: please re-install it’
这个失败原因是怎么回事？R 3.0.0 的问题吗？怎么解决？
R 2.x 升级 3.x 需要重新（编译）安装所有包：
update.packages(checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)
当然如果你不是在R里面用install.package来安装包的话
你还需要
sudo apt-get install r-base-dev
这样你才能从源代码编译R的包
但是如果你导入的R源被你的服务器拒绝，你就惨了
The following signatures couldn't be verified because the public key is not
以下签名不能因为公钥未验证
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ubuntu服务器解决方案第一讲-java安装
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。
1、JDK官网上http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html选择：
但是，如果你的服务器是64位的，请不要选择i586，选择你自己的机器对应的！
2、将打开终端，建立目录：
Sudo mkdir /usr/lib/java
3、将下载的 jdk-7u3-linux-i586.tar.gz移到这个文件夹下面并进行解压，改名字：
sudo mv jdk-7u3-linux-i586.tar.gz /usr/lib/java
sudo tar –xvf jdk-7u3-linux-i586.tar.gz
mv jdk1.7.0_03java-7-sun
4、修改环境变量：
在终端输入：vim /etc/profile
然后添加以下代码：
export JAVA_HOME=/usr/lib/java/jdk1.8.0_25
export JRE_HOME=${JAVA_HOME}/jre
export CLASSPATH=.:${JAVA_HOME}/lib:${JRE_HOME}/lib
export PATH=${JAVA_HOME}/bin:$PATH
保存之后，再运行下面命令更新电脑的配置文件
source /etc/profile 这个千万要记得！！！！
5、在终端中输入 java –version，显示：
jeydragon@jeydragon-VirtualBox:~$ java -version
java version "1.7.0_03"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_03-b04)
Java HotSpot(TM) Client VM (build 22.1-b02, mixed mode)
表示安装成功
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云服务器试用报告
刚买了一个空的云服务器，所以就试用体验了一下！
一．硬盘容量，系统盘很小，就30个G，但是有一个1T的空盘，自己格式化安装并挂载即可。
二．内存状况，11G
三。Cup数量，12核
四．磁盘文件状况
五．开通其它账号
adduser
六．服务器其它信息
七．测试下载速度
八．磁盘分区管理
首先看到的是32.2GB的系统盘，是标示符是xvda盘，被分成了三个区
然后是一个1T的硬盘，需要分区然后挂载
我分区后，分割成两个盘，一个给各个用户，还有一个放公共数据
apt-get install nfs-common
mkfs -t ext4 /dev/xvdd
mkfs.ext4 /dev/xvdd1
mount -t ext4 /dev/xvdd1 /home/
mount -t ext4 /dev/xvdd2 /data
九．脚本环境
This is perl 5, version 18, subversion 2 (v5.18.2)
/usr/lib/python2.7/site.pyc matches /usr/lib/python2.7/site.py
十．库文件状况
apt-get install unzip
apt-get install make
apt-get install gcc
十一．软件安装状况
常用生物信息学软件都可以自己安装，并且可以使用。