Tag Archives: 模块

三 15

perl程序技巧-检验系统环境或模块安装

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这个程序是我在VirusFinder里面发现的，大家可以自行搜索它！

非常好用，建议大家写程序都可以加上这个！

print "\nChecking Java version...\n\n";
my $ret = `java -version 2>&1`;
print "$ret\n";
if (index($ret, '1.6') == -1) {
    printf "Warning: The tool Trinity of the Broad Institute may require Java 1.6.\n\n";
}
print "\nChecking SAMtools...\n\n";
$ret = `which samtools 2>&1`;
if (index($ret, 'no samtools') == -1) {
    printf "%-30s\tOK\n\n", 'SAMtools';
}else{
    printf "%-30s\tnot found\n\n", 'SAMtools';
}
my @required_modules = ("Bio::DB::Sam",
                        "Bio::DB::Sam::Constants",
                        "Bio::SeqIO",
                        "Bio::SearchIO",
                        "Carp",
                        "Config::General",
                        "Cwd",
                        "Data::Dumper",
                        "English",
                        "File::Basename",
                        "File::Copy",
                        "File::Path",
                        "File::Spec",
                        "File::Temp",
                        "FindBin",
                        "Getopt::Std",
                        "Getopt::Long",
                        "IO::Handle",
                        "List::MoreUtils",
                        "Pod::Usage",
                        "threads");
print "\nChecking CPAN modules required by VirusFinder...\n\n";
my $count = 0;
for my $module (@required_modules){
eval("use $module");
if ($@) {
printf "%-30s\tFailed\n", $module;
                $count++;
}
else {
printf "%-30s\tOK\n",     $module;
}
}
if ($count==1){
print "\n\nOne module may not be installed properly.\n\n";
}elsif ($count > 1){
print "\n\n$count modules may not be installed properly.\n\n";
}else{
print "\n\nAll CPAN modules checked!\n\n";
}

 

三 15

perl模块终极解决方案-下

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其实可以手动下载local::lib, 这个perl模块，然后自己安装在指定目录，也是能解决模块的问题！

下载之后解压，进入：

 $ perl Makefile.PL --bootstrap=~/.perl  ##这里设置你想把模块放置的目录
 $ make test && make install
 $ echo 'eval $(perl -I$HOME/.perl/lib/perl5 -Mlocal::lib=$HOME/.perl)' >> ~/.bashrc

等待几个小时即可！！！

添加好环境变量之后，就可以用

perl -MCPAN -Mlocal::lib -e 'CPAN::install(LWP)'
这样的模式下载模块了，所有的模块都会存储在$HOME/.perl/lib/perl5 里面！！！
如果是新写的perl程序，需要在开头加入 use local::lib;   
# sets up a local lib at ~/perl5才能使用该模块！  非常重要，非常重要，非常重要！！！

 

其实你也可以直接打开 ~/.bashrc，然后写入下面的内容

PERL5LIB=$PERL5LIB:/PATH_WHERE_YOU_PUT_THE_PACKAGE/source/bin/perl_module; export PERL5LIB
可以把perl模块安装在任何地方，然后通过这种方式去把模块加载到你的perl程序！

 

三 15

perl模块终极解决方案-上

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不管别人怎么说，反正我是非常喜欢perl语言的！

也会继续学习，以前写过不少perl模块的博客，发现有点乱，正好最近看到了关于local::lib这个模块。

居然是用来解决没有root权限的用户安装，perl模块问题的！

首先说一下，如果是root用户，模块其实没有问题，直接用cpan下载器，几乎能解决所有的模块下载安装问题！

但是如果是非root用户，那么就麻烦了，很难用自动的cpan下载器，这样只能下载模块源码，然后编译，但是编译有个问题，很多模块居然是依赖于其它模块的，你的不停地下载其它依赖模块，最后才能解决，特别麻烦

但是，只需要运行下面的代码：

wget -O- http://cpanmin.us | perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::lib
eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`
echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.profile
echo 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.profile

就能拥有一个私人的cpan下载器，~/.profile可能需要更改为.bash_profile, .bashrc, etc等等，取决于你的linux系统！

然后你直接运行cpanm Module::Name，就跟root用户一样的可以下载模块啦！

或者用下面的方式在shell里面安装模块，其中ext是模块的安装目录，可以修改

 perl -MTime::HiRes -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Time::HiRes;
perl -MFile::Path -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext File::Path;
perl -MFile::Basename -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext File::Basename;
perl -MFile::Copy -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext File::Copy;
perl -MIO::Handle -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext IO::Handle;
perl -MYAML::XS -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext YAML::XS;
perl -MYAML -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext YAML;
perl -MXML::Simple -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext XML::Simple;
perl -MStorable -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Storable;
perl -MStatistics::Descriptive -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Statistics::Descriptive;
perl -MTie::IxHash -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Tie::IxHash;
perl -MAlgorithm::Combinatorics -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Algorithm::Combinatorics;
perl -MDevel::Size -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Devel::Size;
perl -MSort::Key::Radix -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Sort::Key::Radix;
perl -MSort::Key -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Sort::Key;
perl -MBit::Vector -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext Bit::Vector;
perl -M"feature 'switch'" -e 1 > /dev/null 2>&1 || cpanm -v --notest -l ext feature;

下面是解释为什么这样可以解决问题！！！

 

What follows is a brief explanation of what the commands above do.

wget -O- http://cpanmin.us fetches the latest version of cpanm and prints it to STDOUT which is then piped to perl - -l ~/perl5 App::cpanminus local::lib. The first - tells perl to expect the program to come in on STDIN, this makes perl run the version of cpanm we just downloaded.perl passes the rest of the arguments to cpanm. The -l ~/perl5 argument tells cpanm where to install Perl modules, and the other two arguments are two modules to install. [App::cpanmins]1 is the package that installs cpanm. local::lib is a helper module that manages the environment variables needed to run modules in local directory.

After those modules are installed we run

eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`

to set the environment variables needed to use the local modules and then

echo 'eval `perl -I ~/perl5/lib/perl5 -Mlocal::lib`' >> ~/.profile

to ensure we will be able to use them the next time we log in.

echo 'export MANPATH=$HOME/perl5/man:$MANPATH' >> ~/.profile

will hopefully cause man to find the man pages for your local modules.

 

 

 

 

 

 

 

 

九 24

perl的模块组织方式

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如何使用自己写的私人模块

模块通俗来讲，就是一堆函数的集合。

Personally I prefer to keep my modules (those that I write for myself or for systems I can control) in a certain directory, and also to place them in a subdirectory. As in:

/www/modules/MyMods/Foo.pm
/www/modules/MyMods/Bar.pm

And then where I use them:

use lib qw(/www/modules);useMyMods::Foo; 

useMyMods::Bar;

As reported by "perldoc -f use":

It is exactly equivalent to
BEGIN { require Module; import Module LIST; }
except that Module must be a bareword.

Putting that another way, "use" is equivalent to:

  • running at compile time,
  • converting the package name to a file name,
  • require-ing that file name, and
  • import-ing that package.

So, instead of calling use, you can call require and import inside a BEGIN block:

BEGIN{require'../EPMS.pm';
  EPMS->import();}

And of course, if your module don't actually do any symbol exporting or other initialization when you call import, you can leave that line out:

BEGIN{require'../EPMS.pm';}
比如我的一个模块如下，命名为my_stat.pm：
package my_stat;
sub mean{
my $sum=0;
$sum+=$_ foreach @_;
$sum/($#_+1);
}
#print &mean(1..10),"\n";
sub stddev{
$avg=&mean(@_);
#print "$avg\n";
my $sum=0;
$sum+=($_-$avg)**2 foreach @_;
sqrt($sum/($#_));
#It will be different if you use $#_+1;
#sqrt($sum/($#_+1));
}
#print &stddev(1..10),"\n";
1;
里面有我定义好的两个函数 mean 和 stddev , 那么我就可以在我的其它perl程序里面直接引用这个模块，从而使用我的两个自定义函数。
use lib "./";  #取决于你把自定义模块my_stat.pm放在哪个目录
use my_stat;
print my_stat::stddev(1..10),"\n";
七 17

perl操作pdf文档

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大家看看就好，这个模块写的不怎么样，而且有高手已经写了一个pdftoolkit就是完全用这个模块实现了大部分pdf文档的操作

PDF::API2模块使用笔记

一：简单使用方法

use PDF::API2;

# Create a blank PDF file $pdf = PDF::API2->new();
# Open an existing PDF file $pdf = PDF::API2->open('some.pdf');
# Add a blank page $page = $pdf->page();
# Retrieve an existing page $page = $pdf->openpage($page_number);
# Set the page size $page->mediabox('Letter');
# Add a built-in font to the PDF $font = $pdf->corefont('Helvetica-Bold');
# Add an external TTF font to the PDF $font = $pdf->ttfont('/path/to/font.ttf');
 

# Add some text to the page

 $text = $page->text();

$text->font($font, 20);

$text->translate(200, 700);

$text->text('Hello World!');
# Save the PDF $pdf->saveas('/path/to/new.pdf');

 

实例：

use PDF::API2;

$pdf=PDF::API2->new;

$pdf->mediabox('A4');

$ft=$pdf->cjkfont('Song');

$page = $pdf->page;

$gfx=$page->gfx;

$gfx->textlabel(50,750,$ft,20,"\x{Cool44}\x{4EA7}"); # 资产二字

$pdf->saveas('Song_Test.pdf');

 

二：主要对象及方法

1、pdf对象可以创造，可以打开，可以保存，可以更新，还有一堆参数可以设置

$pdf->preferences(%options)还可以设置一些浏览参数，不过本来pdf阅读器可以设置，没必要在这里花时间。

这个可以当做是个人创建pdf的保密信息，也许有一点用吧。

还可以可以设置页脚$pdf->pageLabel($index, $options

2、Page对象，可以新建，可以打开，可以保存（需要指定保存的位置）

$page = $pdf->page()

$page = $pdf->page($page_number)

$page = $pdf->openpage($page_number);

还可以更新旧的pdf，这样可以循环获取pdf页面不停的累积到一个新的pdf

$page = $pdf->import_page($source_pdf, $source_page_number, $target_page_number)

$pdf = PDF::API2->new();

$old = PDF::API2->open('our/old.pdf');   # Add page 2 from the old PDF as page 1 of the new PDF

$page = $pdf->import_page($old, 2);

$pdf->saveas('our/new.pdf');If $source_page_number is 0 or -1, it will return the last page in the document.

$count = $pdf->pages()Returns the number of pages in the document.

这样就可以写一个简单程序把我们的pdf文件合并

use PDF::API2;

my $new = PDF::API2->new;

foreach my $filename (@ARGV) {   my $pdf = PDF::API2->open($filename);   $new->importpage($pdf, $_) foreach 1 .. $pdf->pages;}$new->saveas('new.pdf'); $pdf->mediabox($name)

可以指定A4，A3，A5等等$pdf->mediabox($w, $h)可以指定宽度和高度$pdf->mediabox($llx, $lly, $urx, $ury)

3，还可以随意画点线面及表格，太复杂了就不看了

 

四 01

Perl及R及python模块碎碎念

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老实说，模块其实是一个很讨厌的东西，但是它也实实在在的节省了我们很多时间，也符合我的理念：避免重复造轮子！此教程可能过期了，请直接看最新版(perl模块安装大全)

1，perl的那些模块

如果有root权限，用root权限

进入cpan然后install ExtUtils::Installed模块

这样就可以执行instmodsh这个脚本了，可以查看当前环境下所有的模块 Continue reading →

四 01

R的包（package）

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关于R语言包的一些操作，挺重要的！！！

R的包（package）通常有两种：
1 binary package：这种包属于即得即用型（ready-to-use），但是依赖与平台，即Win和Linux平台下不同。
2 Source package: 此类包可以跨平台使用，但用之前需要处理或者编译（compiled）。

以下一些常用的包相关的函数：
.libPaths()：查看包的安装目录

ls('package:ggplot2')可以查看该包里面所有的函数
library()：查看已经安装的包目录
library(mypackage)：载入mypackage包

getOption("defaultPackages")：查看启动R时自动载入的包。
help(package = 'mypackage')：查看‘mypackage’的帮助
args(function)：查看函数的参数
example(function)：自动运行该函数帮助文档中的例子，很赞！
demo("package")：展示一些包中demostration，需要再看下？？
vignette('mypackage')：有的包，特别是bioconductor的包有vignette，用函数查看
openVignette('mypackage')：这个函数也可以查看vignette，更好用一些
RSiteSearch("helpinfor")：搜索R网站上的“helpinfor”相关信息
help.start()：查看已经安装包的详细HTML文档，这个命令非常爽。
更新：
search()：查看当前载入的包

sessionInfo()：查看R中载入的包
methods()：查看某个S3泛型函数中所有的方法或者一个类中所有的方法（S3：S version 3）

showMethods(class = "myClass")：查看S4类的方法

findMethods("myMethods")：查看method的代码

class(myObject)：查看某个对象的类
getClass(“class/package”)：查看某个class或者包的具体内容

getSlots("class")：查看某个class的slot

slotNames(MyObject)：查看某个对象的slot。

可以使用Myobject@slotNames访问对象的slot值，这个@设计实在是太爽了，可以连续用。
查询包内信息：1. ?function/method：查看某个“函数”或者“方法”的详细内容
2. class?graph::graph：查看“组”的详细内容的一个例子。这个例子的来源是查询graph包时候，查看其中class的信息，输入??graph后出现一个graph::graph-class。
ls("package:mypackage")：查看"mypackage"中的所有对象。

安装source package方法

1 在终端输入 # R CMD INSTALL /.../mypackage.tar.gz
使用此方法，需要解决包依赖问题，即安装此包所依赖的包，安装过程有提示

2 也可以使用R的install.packages()函数安装
回答：可以使用install.packages()函数安装，而且比较简便，即联网即可装，装了就可用。
# R
> install.packages('mypackage')

回答2：可以使用install.packages()安装本地下载的包，尤其适用于在服务器上安装包

$ R

> install.packages( c("XML_0.99-5.tar.gz", "http://www.cnblogs.com/Interfaces/Perl/RSPerl_0.8-0.tar.gz"), repos = NULL, configure.args = c(XML = '--with-xml-config=xml-config', RSPerl = "--with-modules='IO Fcntl'"))
3 Bioconductor的安装方法
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("mypackage")

 

4 卸载package

remove.packages("mypackage")

 

5 查看R及其package的version

R version: version 或者 R.version

R package version:

 

6 更新包

update.packages( )  可以定期执行以下

 

7 使用别人安装的包

修改.bashrc文件，添加环境变量R的lib路径

export R_LIBS=/home/.../R/lib64/R/library

R中用.libPaths()函数查看lib路径，如果有多个lib,install.packages()默认是安装在第一个目录下

 

四 01

ubuntu服务器解决方案第七讲-perl安装模块

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此教程可能过期了，请直接看最新版(perl模块安装大全)

发现自己搞服务器遇到的困难还是蛮多的，所以记录了一下，给菜鸟们指个路。
ubuntu对生信菜鸟来说是最好用的linux服务器，没有之一，因为它有apt-get。

前面我简单写了一个perl的cpan安装模块，但是前些天突然发现有些perl模块在cpan里面找不到，所以又总结了一下不同的perl模块安装方法。 Continue reading →