想着把TCGA的RPKM值矩阵表格写入到mysql,然后做一个查询网页给生物学家,我下载的是所有TCGA收集的mRNA表达数据集数据集-GSE62944 ,共9264个癌症样本,和741个正常组织的表达数据。当我想写入癌症表达矩阵的时候,报错了:
Error in .local(conn, statement, ...) :
could not run statement: Too many columns
简单搜索了一下,发现是mysql有最大列的限制,但是我不是很懂计算机,所以没太看明白该如何调整参数使得mysql列限制扩充:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/column-count-limit.html 所以就把癌症表达矩阵根据癌症拆分了,癌种数量如下: