Tag Archives: 组装

三 25

人为创造几个测序数据然后用soap组装成基因组

Posted on by

这里我选取酵母基因组来组装，以为它只有一条染色体，而且本身也不大！

人为创造几个测序数据然后用soap组装成基因组130

这个文件就4.5M，然后第一行就是序列名，第二列就是序列的碱基组成。共4641652个碱基。

我写一个perl程序来人为的创造一个测序文件

人为创造几个测序数据然后用soap组装成基因组58

这样我们的4.5M基因组就模拟出来了486M的单端100bp的测序数据，而且是无缝连接，按照道理应该很容易就拼接的。

/home/jmzeng/bio-soft/SOAPdenovo2-bin-LINUX-generic-r240/SOAPdenovo-127mer

all -s config_file -K 63 -R -o graph_prefix 1>ass.log 2>ass.err

人为创造几个测序数据然后用soap组装成基因组331

可以看到组装效果还不错哦，然后我模拟了一个测试数据，再进行组装一次，这次更好！

其实还可以模拟双端测序，应该就能达到百分百组装了。

但是由于我代码里面选取的是80在随机错开，所以我把kmer的长度设置成了81来试试看，希望这样可以把它完全组装成一条e-coli基因组。

/home/jmzeng/bio-soft/SOAPdenovo2-bin-LINUX-generic-r240/SOAPdenovo-127mer

all -s config_file -K 81 -R -o graph_prefix 1>ass.log 2>ass.err

但是也没有什么实质性的提高，虽然理论上是肯定可以组装到一起！

那我再模拟一个双端测序吧，中间间隔200bp的。

 

三 25

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用

Posted on by

一．下载并安装这个软件

下载地址进下面，但是下载源码安装总是很困难，我直接下载bin文件可执行程序。

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用104

解压进入目录

首先make

然后make install即可

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用731

安装总是失败，我也不知道怎么回事，懒得解决了。

直接去我老师那里把这个程序拷贝进来了。

https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2/archive/master.zip

http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/files/SOAPdenovo2/bin/r240/SOAPdenovo2-bin-LINUX-generic-r240.tgz/download

http://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/files/latest/download?source=files

也可以直接下载bin程序

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用1035

二．准备测试数据

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用742

类似于这样的几个文库的左右两端测序数据。

我这里用一个小样本的单端数据做测试

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用783

三，参考命令

You may run it like this:

参考：http://www.plob.org/2012/07/06/2537.html

https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2

总共就四个步骤，介绍如下。

 

./pregraph_sparse [parameters]
./SOAPdenovo-63mer contig [parameters]
./SOAPdenovo-63mer map [parameters]
./SOAPdenovo-63mer scaff [parameters]

 

i) preparing the pregraph. This step is similar to velveth for velvet.
ii) Determining contigs. This step is similar to velvetg for velvet.
iii) Mapping back reads on to contigs.
iv) Assembling contigs into scaffolds.

 

 SOAPdenovo-63mer  sparse_pregraph  -s config_file -K 45 -p 28 -z 1100000000 -o outPG
 SOAPdenovo-63mer contig  -g outPG
 SOAPdenovo-63mer map  -s config_file -g outPG -p 28
 SOAPdenovo-63mer  scaff   -g outPG -p 28

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用1629

官网给出的步骤如下

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用1641

这个命令还需要一个配置文件

max_rd_len=99 设置最大reads长度，具体情况具体定义

[LIB] 第一个文库数据

avg_ins=225

reverse_seq=0

asm_flags=3

rank=1

q1=runPE_1.fq

q2=runPE_2.fq

[LIB] 第二个文库数据

avg_ins=2000

reverse_seq=1

asm_flags=2

rank=2

q1=runMP_1.fq

q2=runMP_2.fq

也可以全部一次性的搞一个命令

all -s config_file -K 63 -R -o graph_prefix 1>ass.log 2>ass.err

我简单修改了一下参考博客的代码跟官网的代码，然后运行了我自己的代码

/home/jmzeng/bio-soft/SOAPdenovo2-bin-LINUX-generic-r240/SOAPdenovo-127mer

all -s config_file -K 63 -R -o graph_prefix 1>ass.log 2>ass.err

反正我也不懂，就先跑跑看咯

我选取的是7个单端数据，所以我的配置文件是

max_rd_len=500

[LIB]

avg_ins=225

reverse_seq=0

asm_flags=3

rank=1

p=SRR072005.fa

p=SRR072010.fa

p=SRR072011.fa

p=SRR072012.fa

p=SRR072013.fa

p=SRR072014.fa

p=SRR072029.fa

四．输出数据解读

好像我的数据都比较小，就7个三百多兆的fasta序列，几个小时就跑完啦

四个步骤都有输出数据

基因组组装软件SOAPdenovo安装使用2446

好像组装效果惨不忍睹呀！共86万的contig，50多万的scaffold

scaffolds>100  505473 99.60%

scaffolds>500  113523 22.37%

scaffolds>1K   48283 9.51%

scaffolds>10K  0 0.00%

scaffolds>100K 0 0.00%

scaffolds>1M   0 0.00%

这其实都相当于没有组装了，因为我的测序判断本来就很多是大于500的！

可能是我的kmer值选取的不对

Kmer为63跑出来的效果不怎么好，86万的contig，50万的scaffold的

Kmer为35跑出来的效果更惨，203万的contig，近60万的scaffold。

我觉得问题可能不是这里了，可能是没有用到那个20k和3k的双端测序库，唉，其实我习惯了illumina的测序数据，不太喜欢这个454的

感觉组装好难呀，业余时间搞不定呀，希望有高手能一起交流，哈哈，我自己再慢慢来试试。