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十 29

gene的各种ID转换终结者-bioconductor系列包

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经常会有人问这样的问题I have list of 10,000 Entrez IDs and i want to convert the multiple Entrez IDs into the respective gene names. Could someone suggest me the way to do this?等等类似的基因转换，能做的基因转换的方法非常多，以前不懂编程的时候，都是用各种网站，而最常用的就是ensembl的biomart了，它支持的ID非常多，高达几百种，好多ID我到现在都不知道是什么意思。

现在学会编程了，我比较喜欢的是R的一些包，是bioconductor系列，一般来说，其中有biomart，org.Hs.eg.db，annotate，等等。关于biomart我就不再讲了，我前面的博客至少有七八篇都提到了它。本次我们讲讲简单的， 我就以把gene entrez ID转换为gene symbol 为例子把。

当然，首先要安装这些包，并且加载。

if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}
suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))  我比较喜欢这样加载包

library(annotate) #一般都是这样加载包

如果是用org.Hs.eg.db包，首先你只需要读取你的待转换ID文件，构造成一个向量，tmp，然后只需要symbols <- org.Hs.egSYMBOL[as.character(tmp)]就可以得到结果了，返回的symbols是一个对象，需要用toTable这个函数变成数据框。但是这样转换容易出一些问题，比如如果你的输入数据tmp，里面含有一些无法转换的gene entrez ID，就会报错。

而且它支持的ID转换很有限，具体看看它的说明书即可：https://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/manuals/org.Hs.eg.db/man/org.Hs.eg.db.pdf

org.Hs.eg.db
org.Hs.eg_dbconn
org.Hs.egACCNUM
org.Hs.egALIAS2EG
org.Hs.egCHR
org.Hs.egCHRLENGTHS
org.Hs.egCHRLOC
org.Hs.egENSEMBL
org.Hs.egENSEMBLPROT
org.Hs.egENSEMBLTRANS
org.Hs.egENZYME
org.Hs.egGENENAME
org.Hs.egGO
org.Hs.egMAP
org.Hs.egMAPCOUNTS
org.Hs.egOMIM
org.Hs.egORGANISM
org.Hs.egPATH
org.Hs.egPMID
org.Hs.egREFSEQ
org.Hs.egSYMBOL
org.Hs.egUCSCKG
org.Hs.egUNIGENE
org.Hs.egUNIPROT

如果是用annotate包，首先你还是需要读取你的待转换ID文件，构造成一个向量，tmp，然后用getSYMBOL(as.character(tmp), data='org.Hs.eg')这样直接就返回的还是以向量，只是在原来向量的基础上面加上了names属性。说明书：http://www.bioconductor.org/packages/3.3/bioc/manuals/annotate/man/annotate.pdf

然后你可以把转换好的向量写出去，如下：

1 A1BG
2 A2M
3 A2MP1
9 NAT1
10 NAT2
12 SERPINA3
13 AADAC
14 AAMP
15 AANAT
16 AARS

PS：如果是芯片数据，需要把探针的ID转换成gene，那么一般还需要加载特定芯片的数据包才行：

platformDB <- paste(eset.mas5@annotation, ".db", sep="") #这里需要确定你用的是什么芯片
cat("the annotation is ",platformDB,"\n")
if(platformDB %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");tmp=try(biocLite(platformDB))}
library(platformDB, character.only=TRUE)
probeset <- featureNames(eset.mas5)
rowMeans <- rowMeans(exprSet)

library(annotate) # lookUp函数是属于annotate这个包的
EGID <- as.numeric(lookUp(probeset, platformDB, "ENTREZID"))