最新文献 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26086163 上面有提到了hpv的研究现状

As of May 30, 2015, 201 different HPV types had been completely sequenced and officially recognized and divided into five PV-genera: Alpha-, Beta-, Gamma-, Mu-, and Nupapillomavirus.

根据文献，我找到了hpv所有已知测序种类的参考基因组网站：

http://www.hpvcenter.se/html/refclones.html

到目前（2015年7月31日15:17:59）已经有了205种，我爬取它们的genebank ID号，然后用python程序批量下载了它们的序列，能下载的序列共179条，都是8K左右的碱基序列。

根据genebank ID或者其它ID号批量下载核酸序列的脚本如下：

[python]</pre>
import sys

import time

import random

from Bio import Entrez

ids=[]

infile=sys.argv[1]

for line in open(infile,'r'):

line=line.strip()

ids.append(line)

for i in range(1,len(ids)):

#       t = random.randrange(0,5)

handle =

Entrez.efetch(db="nucleotide", id=ids[i],rettype="fasta",email="jmzeng1314@163.com")

#       time.sleep(t)

print handle.read()

[/python]

脚本使用很简单，保持输入文件是一行一个ID号即可。

同时，根据文献我们也能得到hbv病毒提取方法

当然，我是看不懂的。

同样的拿到下载的178条序列我们可以做一个进化树，当然，这个文章已经做好了，我就不做了，进化树其实蛮简单的。

下载179条hpv序列，每条序列都是8KB左右

我还用了R脚本批量下载

library(ape)

a=read.table("hpv_all.ID") #输入文件是一行一个ID号即可

for (i in 1:nrow(a)){

tmp=read.GenBank(a[i,1],seq.names = a[1,1],as.character = T)

write.dna(tmp,"tmp.fa",format="fasta", append=T,colsep = "")

}

然后用muscle做比对，参照我之前的笔记

http://www.bio-info-trainee.com/?p=659
http://www.bio-info-trainee.com/?p=660
http://www.bio-info-trainee.com/?p=626

muscle -in mouse_J.pro -out mouse_J.pro.a

muscle -maketree -in mouse_J.pro.a -out mouse_J.phy

貌似时间有点长呀，最后还莫名其妙的挂掉了，可能是我的服务器配置有点低。

进化树如下所示：