在使用Bowtie比对于完Chip-Seq的结果后，就需要用到MACS或者ERANGE来找出峰所在的位置了。但是由于ERANGE的设置比较复杂，所以最为流行的还是MACS。
一．首先安装MACS软件
MACS有两个版本，分别是MACS14和MACS2。MACS2在很多方面都对MACS14做了重大改进，但目前还在测试阶段。我们依然以MACS14为例进行说明。
MACS软件的下载地址在wget https://codeload.github.com/taoliu/MACS/zip/master
这是一个python软件，有152M，已经算是很大了！所以需要按照安装python的方法来安装它！但是，好像这个是最新版的，我们还是用1.4版本吧
wget http://github.com/downloads/taoliu/MACS/MACS-1.4.2-1.tar.gz
其实它的readme已经把这个软件的各种安装使用方法讲的很清楚了。
https://github.com/taoliu/MACS/blob/master/README.rst
MACS软件的具体原理，大家去看文献，或者参考这篇文章
http://www.plob.org/2014/05/08/7227.html
很简单的一个python命令即可安装该软件python setup.py install --user
二．然后准备该软件所需要的数据
是我们在前两篇文章中提到的数据
三．接着运行MACS的命令
/home/jmzeng/.local/bin/macs14 -t Xu_WT_rep2_BAF155.fastq.trimmed.single.bam \
> -c Xu_WT_rep2_Input.fastq.trimmed.single.bam \
> -f BAM -g hs --bw 300 -w -S -n Xu_WT_rep2
四．最后解读一下结果
56K Apr 30 21:54 Xu_WT_rep2_model.r
5.5K Apr 30 22:21 Xu_WT_rep2_negative_peaks.xls
783K Apr 30 22:21 Xu_WT_rep2_peaks.bed
865K Apr 30 22:21 Xu_WT_rep2_peaks.xls
766K Apr 30 22:21 Xu_WT_rep2_summits.bed
唉，反正这也不是我的课题，懒得解释这些结果啦，等后来有机会再慢慢玩吧
参考 http://www.plob.org/2014/05/08/7227.html
附录：我们现在来了解如何设置参数。
参考自 http://www.plob.org/2014/01/26/7118.html
-t TFILE, –treatment=TFILE 输入文件名
-c CFILE, –control=CFILE 输入阴对文件名
-n NAME, –name=NAME 输入出文件名前缀
-f FORMAT, –format=FORMAT 输入文件格式，默认值为AUTO，可选的值为”BEG”,”ELAND”,”ELANDMULTI”,”ELANDMULTIPER”,”ELANDEXPORT”,”SAM”,”BAM”,”BOWTIE”等。
-g GSIZE, –gsize=GSIZE 比对模板大小。格式可以是：1.0e+9，或者1000000000，也可以缩写：’hs’ for 人类 (2.7e9), ‘mm’ for 大鼠(1.87e9), ‘ce’ for 线虫 (9e7) and ‘dm’ for 果蝇 (1.2e8), 默认值:hs
-s TSIZE, –tsize=TSIZE 设置为短序列的长度，默认值为25
-p PVALE, –pvalue=PVALUE 非峰可能性截取值，默认值为1e-5，这个值不能大太，超过0.9的话，可能无法输出正确的结果
-m MFOLD, –mfold=MFOLD 峰值高度相对于本底的比值，默认值为10,30。也就是说，最低值不能少于10，但比值超过30也不认为它是正常的一个峰。一般而言，低值设置为10是一个很好的区分点。如果这个值还是无法得到满意的结果，那么可以设置得更低，但最好还是使用–nomodel参数，使–nomodel设置为True，然后再传递–shiftsize及–bw参数给MACS。–shiftsize默认值为100，而–bw的默认值为300。
–diag 生成完整报表，会包括是否为真峰的可能性，但会严重拖累运算速度。
