无意中接触了AB 5500xl Genetic Analyzer这个测序仪的数据，就是传说中的solid格式，也就是color space的测序数据 ，虽然拿到的测序数据也是fastq格式的， 4行代表一条read，但是第二行已经不是在是碱基序列啦，而是color的编码。Colors may be encoded either as numbers (0=blue, 1=green, 2=orange, 3=red) or as characters A/C/G/T (A=blue, C=green, G=orange, T=red).我们通常称为csfastq格式。

对于这种数据的处理，一般的比对软件是hold 不住的，我查了一下，SHRiMP，sequel和BFAST ，bowtie，是可以处理这种csfastq格式数据的比对的， 我这里简单使用了最出名的SHRiMP 。