转录组cufflinks套装的使用

cufflinks套装有很多，我们主要使用的只有三个

Cufflinks是用来处理tophat的输出的bam文件然后输出gtf文件

cuffmerge把多个样本的gtf文件合并的，也没啥子用，主要是测多个样本可能会需要

cuffdiff算出分组的bam文件里面的差异基因。

一：下载安装该软件

是二进制版本，找到网址，然后用wget下载，解压即可使用

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