一般来讲，我们对测序数据进行QC，就三个大的方向：Quality trimming， Adapter removal， Contaminant filtering，当我们是双端测序数据的时候，去除接头时，也会丢掉太短的reads，就容易导致左右两端测序文件reads数量不平衡，有一个比较好的软件能解决这个问题，我比较喜欢的是cutadapt软件的PE模式来去除接头！尤其是做基因组或者转录组de novo 组装的时候，尤其要去掉接头，去的干干净净！
cutadapt是经典的python软件，但是因为我的linux服务器有点问题 ，可能是root权限问题，没有用pip install cutadapt 安装成功，我懒得搞这些了，其实可以自己去下载cutadapt的源码，然后进入源码文件夹里面 python setup.py install --user 到自己的 ~/.local/bin下面。
所以我用conda安装了cutadapt软件，http://www.bio-info-trainee.com/1906.html 所以我需要 python ~/miniconda2/pkgs/cutadapt-1.10-py27_0/bin/cutadapt --help 才能调用这个软件，不过，问题不大，我也就是试用一下。 Continue reading →