一般做完一个CHIP-seq测序，如果实验设计没有问题，测序质量也OK的话，很容易了根据序列call到符合要求的peaks，或者可以去很多文章或者roadmap里面下载到非常多有意义的peaks文件， 一般是BED格式文件，这是就需要对这些peaks进行各种各样的注释以及可视化了，还有根据peaks相关的基因可以做各种各样的下游分析，包括各种pathway数据库的富集，MsigDB数据库注释，gene ontology的注释等等，此时不得不强烈推荐一款网页版工具，是斯坦福大学的学者开发的GREAT。
此工具的出现主要是为了解决基因组上面的非编码区域注释缺乏的问题，而我们CHIP-seq实验得到的peaks结果通常就是在非编码区域
该工具每次只能上传一个文件，就是我们call出来的peaks记录文件，支持bed格式的：