序列比对是大多数类型数据分析的核心，如果要利用好测序数据，比对细节非常重要，我这里只是研读一篇文章也就没有对比对细节过多考虑，只是列出自己的代码和自己的几点思考，力求重现文章作者的分析结果。对miRNA-seq数据有两条比对策略，一种是下载miRBase数据库里面的已知miRNA序列来进行比对，一种直接比对到参考基因组(比如人类的是hg19/hg38)，前面的比对非常简单，而且很容易就可以数出已经的所以miRNA序列的表达量，后面的比对有点耗时，而且算表达量的时候也不是很方便，但是它有个有点是可以来预测新的miRNA，所以大多数文章都会把这两条路给走一下。 Continue reading →