十一 25

hisat2+stringtie+ballgown

早在去年九月,我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦! http://www.bio-info-trainee.com/1022.html  ,主要就是进化成hisat2+stringtie+ballgown的流程,但是我一直没有系统性的讲这个流程,因为我觉真心木有用。我只用了里面的hisat来做比对而已!但是群里的小伙伴问得特别多,我还是勉为其难的写一个教程吧,你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软件的!然后自己找一个测试数据,我的脚本很容易用的! Continue reading