拿到比对后的sam/bam文件之后，这只能算是level2的数据，一般我们给他人share我们的结果也是直接给表达矩阵的， miRNA分析跟mRNA分析类似，但是它的表达矩阵更好获取一点。如果是mRNA，我们一般会跟基因组来比较，而基因组就那24条参考染色体，想知道具体比对到了哪个基因，需要根据基因组注释文件来写程序提取表达量信息，现在比较流行的是htseq这个软件，我前面也写过教程如何安装和使用，这里就不啰嗦了。但是对于miRNA，因为我比对的就是那1881条前体miRNA序列，所以直接分析比对的sam/bam文件就可以知道每条参考miRNA序列的表达量了。  Continue reading →