Tag Archives: illumina

十 22

使用trimmomatic对illumina数据做质控-去接头还有去除低质量碱基

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因为一直拿到的是公司给的特别好的数据，所以没太关注质控这个问题，最近拿到了raw data，才发现其实里面的门道挺多的。前面都是用cutadapt这个python软件来去除接头的，但是它有一个弊端，需要自己指定接头文件。正好朋友推荐了trimmomatic，是java软件，所以直接Google找到其官网，然后下载二进制版本解压即可使用！
反正对我的illumina测序数据来说，直接用它就可以把raw data 变成 clean data啦！
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十 15

用lumi包来处理illumina的bead系列表达芯片

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表达芯片大家最熟悉的当然是affymetrix系列芯片啦，而且分析套路很简单，直接用R的affy包，就可以把cel文件经过RMA或者MAS5方法得到表达矩阵。illumina出厂的芯片略微有点不一样，它的原始数据有3个层级，一般拿到的是Processed data (示例), 当仍然需要一系列的统计学方法才能提取到表达矩阵。我比较喜欢用bioconductor，所以下面讲一讲如何用lumi包来处理这个芯片数据！

这个lumi包的使用代码和说明书都有，按部就班的学一遍就好了。
如果仅仅是分析数据，那么并不难，但是每个分析步骤后面都隐含着一系列的统计学方法，想彻底搞清楚他它们， 就很难了。

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十 15

illumina的bead 系列表达芯片扫盲

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表达芯片大家最熟悉的当然是affymetrix系列芯片啦，而且分析套路很简单，直接用R的affy包，就可以把cel文件经过RMA或者MAS5方法得到表达矩阵。illumina出厂的芯片略微有点不一样，它的原始数据有3个层级，一般拿到的是Processed data (示例), 当仍然需要一系列的统计学方法才能提取到表达矩阵。接下来我们首先讲一讲illumina的bead 系列表达芯片基础知识吧： Continue reading →