对于CHIP-seq数据处理完全是自学的，所以有很多细节得慢慢学习回来，这次记录的就是当我们把测序仪的fastq数据比对到参考基因组之后，应该对比对的结果文件做什么样的处理，然后去给peaks caller软件拿来call peaks呢？我看过博客 提到只保留比对质量值大于30的，也看过博客提到只保留unique比对的reads，我这里拿一篇公共数据测试了一下它们的区别！数据描述如下： Continue reading →