MAQ在2008年还是蛮火的，但是现在基本都是BWA和bowtie的天下了。
就当怀念一下它吧，给它写一个教程！
软件下载：
官网直接找到：http://maq.sourceforge.net/
我是linux系统，用wget下载：wget https://sourceforge.net/projects/maq/files/maq/0.7.1/maq-0.7.1.tar.bz2
解压，很容易观察到是C++源码，所以用源码安装三部曲来安装
tar jxvf software.tar.bz2cd software./configure --prefix=$pathmakemake test
安装之后把该软件添加到环境变量！
输入数据：
这里选择两个网络上的测试数据:
如果是真想用这个软件的话，需要参考基因组和测序数据，这个链接貌似已经年久失修啦~！
# download a test reference genome (TAIR9 Chromosome 1)
wgethttp://biocluster.ucr.edu/~tbackman/query.fastq# download some test Illumina reads from Arabidopsis
运行命令：
maq # inspect command line options
maq fasta2bfa genome.fasta genome.bfa
# create binary of reference genome
maq fastq2bfq query.fastq readBinary.bfq
# create a binary of dataset
maq match out.map genome.bfa readBinary.bfq
# align query to genome and store output
结果解读：
我在想，这个MAQ软件发明之前，好像还没有SAM文件格式的定义，那么它的结果
out.map肯定不是sam格式的。哈哈，这个软件我无法安装，换了好几系统也没成功，如果是太老了，很多库文件却是。我也懒得去解决了。这种报错，对我这样的非计算机专业来说，简直是天书！