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十一 05

在linux系统里面安装matlab运行环境mcr

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matlab毕竟是收费软件，而且是有界面的。所以搞生物信息的都用R和linux替代了，但是很多高大上的单位，比如大名鼎鼎的broadinstitute，是用matlab的，所以他们开发的程序也会以matlab代码的形式发布。但是考虑到大多研究者用不起matlab，或者不会用，所以就用linux系统里面安装matlab运行环境来解决这个问题，我们仍然可以把人家写的matlab程序，在linux命令行下面，当做一个脚本来运行！

比如，这次我就需要用broadinstitute的一个软件：Mutsig，找cancer driver gene的，http://www.broadinstitute.org/cancer/cga/mutsig_run，但是我看了说明才发现，它是用matlab写的，所以我要想在我的服务器用，就必须按照安装matlab运行环境，在官网可以下载：http://www.mathworks.com/products/compiler/mcr/

Capture3

我这里选择的是R2013a (8.1)，下载之后解压是这样的，压缩包约四百多M

Capture1

然后直接在解压后的目录里面运行那个install即可，然后如果你的linux可以传送图像，那么就会想安装windows软件一样方便！如果你的linux是纯粹的命令行，那么，就需要一步步的命令行交互，选择安装地址，等等来安装了。

记住你安装之后，会显示一些环境变量给你，请千万要记住，然后自己去修改自己的环境变量，如果你忘记了，就需要搜索来解决环境变量的问题啦！安装之后是这样的：

Capture2

请记住你的安装目录，以后你运行其它matlab相关的程序，都需要把这个安装目录，当做一个参数传给你的其它程序的！！！

如果你没有设置环境变量，就会出各种各样的错误，用下面这个脚本可以设置

其中MCRROOT一般是$path/biosoft/matlab_running/v81/ 这样的东西，请务必注意，LD_LIBRARY_PATH非常重要，非常重要，非常重要！！！！

MCRROOT=$1
echo ---
LD_LIBRARY_PATH=.:${MCRROOT}/runtime/glnxa64 ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRROOT}/bin/glnxa64 ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRROOT}/sys/os/glnxa64;
MCRJRE=${MCRROOT}/sys/java/jre/glnxa64/jre/lib/amd64 ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE}/native_threads ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE}/server ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE}/client ;
LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:${MCRJRE} ;
XAPPLRESDIR=${MCRROOT}/X11/app-defaults ;
export LD_LIBRARY_PATH;
export XAPPLRESDIR;
echo LD_LIBRARY_PATH is ${LD_LIBRARY_PATH};

如果你没有设置正确，那么会报一下的错误！

error while loading shared libraries: libmwmclmcrrt.so.8.1: cannot o pen shared object file: No such file or directory

error while loading shared libraries: libmwlaunchermain.so: cannot o pen shared object file: No such file or directory

等等！！！