一般做完一个CHIP-seq测序，如果实验设计没有问题，测序质量也OK的话，很容易了根据序列call到符合要求的peaks，或者可以去很多文章或者roadmap里面下载到非常多有意义的peaks文件， 一般是BED格式文件，这是就需要对这些peaks进行各种各样的注释以及可视化了，此时不得不强烈推荐一款网页版工具，是台湾学者开发的ChIPseek：
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自学CHIP-seq分析第二讲~学习资料的搜集
我只能说，CHIP-seq的确是非常完善的NGS流程了，各种资料层出不穷，大家首先可以看下面几个完整流程的PPT来对CHIP-seq流程有个大致的印象，我对前面提到的文献数据处理的几个要点，就跟下面这个图片类似：
QuEST is a statistical software for analysis of ChIP-Seq data with data and analysis results visualization through UCSC Genome Browser. http://www-hsc.usc.edu/~valouev/QuEST/QuEST.html
peak calling 阈值的选择： http://www.nature.com/nprot/journal/v7/n1/fig_tab/nprot.2011.420_F2.html
MeDIP-seq and histone modification ChIP-seq analysis http://crazyhottommy.blogspot.com/2014/01/medip-seq-and-histone-modification-chip.html
2011-review-CHIP-seq-high-quaility-data: http://www.nature.com/ni/journal/v12/n10/full/ni.2117.html?message-global=remove
不同处理条件的CHIP-seq的差异peaks分析： http://www.slideshare.net/thefacultyl/diffreps-automated-chipseq-differential-analysis-package
一个实际的CHIP-seq数据分析例子： http://www.biologie.ens.fr/~mthomas/other/chip-seq-training/
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自学CHIP-seq分析第一讲~文献选择与解读
文章：CARM1 Methylates Chromatin Remodeling Factor BAF155 to Enhance Tumor Progression and Metastasis
我很早以前想自学CHIP-seq的时候就关注过这篇文章，那时候懂得还不多，甚至都没有仔细看这篇文章就随便下载了数据进行分析，也只是跑一些软件而已，这次仔细阅读这篇文章才发现里面的门道很多，尤其是CHIP-seq的实验基础，以及表观遗传学的生物学基础知识，我有时间一定要把这篇文章翻译一下。学习这篇文章前一定要温习一些生物学知识，见我上一篇博客