从数以万计的突变里面找到driver mutation这个课题很大，里面的软件我接触的就有十几个了，但是我尝试了其中几个，总是无法运行成功，不知道为什么，终于今天成功了一个，就是mutsig软件！ 其实关于突变数据找driver mutation ，台湾一个大学做了一个数据库DriverDB http://ngs.ym.edu.tw/driverdb/： 还因此发了一篇文章：http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2013/11/07/nar.gkt1025.full.pdf，挺不错的！

关于driver mutation的理论最近也进化了很多，算是比较完善了吧，但是我一直没时间静下心来好好补充理论知识，很多软件，都只是用过，很多数据，也只是处理了一下，不知道为什么要去做，╮(╯▽╰)╭扯远了，开始谈这个软件吧！

mutsig软件是broadinstitute出品的，所以可靠性非常好咯，来源于一篇nature文章：http://www.nature.com/nature/journal/v505/n7484/full/nature12912.html，而该软件的地址是：http://www.broadinstitute.org/cancer/cga/mutsig_run 需要简单注册才能下载的。

该nature文章是这样描述这个软件的优点的：We used the most recent version of the MutSig suite of tools, which looks for three independent signals: highmutational burden relative to background expectation, accounting for heterogeneity; clustering of mutations within the gene; and enrichment of mutations in evolutionarily conserved sites. Wecombined the significance levels (P values) fromeach test to obtain a single significance level per gene (Methods).

这个软件需要安装matlab环境才能使用，所以我前面就写了教程，如何安装！http://www.bio-info-trainee.com/?p=1166

如果已经安装好了matlab环境，那么直接下载这个软件就可以使用了，软件解压就OK拉，而且人家还提供了测试文件！

软件下载后，解压可以看到里面的一个脚本，软件说明书写的非常简单，当然，使用这个软件也的确非常简单：

run_MutSigCV.sh <path_to_MCR> mutations.maf coverage.txt covariates.txt output.txt 即可，其中所有的数据都是可以下载的，

运行完了测试数据， 就证明你的软件安装没有问题啦！如果你只有突变数据的maf格式，maf格式可以参考：https://www.biostars.org/p/69222/ ，也可以使用该软件：如下

run_MutSigCV.sh <path_to_MCR> my_mutations.maf exome_full192.coverage.txt gene.covariates.txt my_results mutation_type_dictionary_file.txt chr_files_hg19

上面三个zip文件，都是可以在mutsig软件官网找到下载链接的，是必须下载的！使用很简单，就一个命令即可，但是把你的vcf突变数据做成该软件需要的maf格式，是一个难题！