本来还没这么快写进化专题的，但是有个朋友要我帮忙跑一下她的phy文件，看看能否生成树，我就试用了一下phyml这个软件，挺简单的。

一、下载并安装该软件

这是一个很简单的软件，我们直接下载它的二进制程序就可以直接使用啦，官网里面的压缩包里面有各种平台的二进制程序，我这里用linux64的。

wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip

unzip PhyML-3.1.zip

二．准备文件

它需要的phy格式的多重比对结果文件，一般是clustalW或者muscle比对的结果

可以看到是53个蛋白，多重比对后的公共序列长度是325个氨基酸。

三．命令

./PhyML-3.1_linux64   -i test.phy  -d aa   -b 1000   -m LG   -f m -v e -a e -o tlr

这些参数在运行的时候都会显示出来

具体解释见博客 http://www.chenlianfu.com/?p=2221

四，输出文件

这个时间会很久，大家有心里准备！！！总共会输出四个文件，

test.phy_phyml_tree.txt        :    最大似然法构建的进化树

test.phy_phyml_boot_stats.txt  :    bootstrap 的统计信息

test.phy_phyml_boot_trees.txt  :    bootstrap 树

test.phy_phyml_stats.txt       :    程序运行的中的参数和结果统计

然后我们的那个test.phy_phyml_tree.txt  就可以用figtree等软件画图啦！！！