本帖紧跟前面的仔细探究samtools的rmdup是如何行使去除PCR重复reads功能的
同样的我们也是分单端和双端测序来看结果，并且比较两个工具的区别！
首先对于那个单端数据，samtools给出的结果是：[bam_rmdupse_core] 25 / 53 = 0.4717 in library Continue reading
十一
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Tag Archives: picard
十一
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仔细探究samtools的rmdup是如何行使去除PCR重复reads功能的
在做这个去除PCR重复reads时候必须要明白为什么要做这个呢？WGS？WES？RNA-SEQ?CHIP-SEQ？都需要吗？随机打断测序才需要？特异性捕获不需要？
搞明白了，我们就开始做，首先拿一个小的单端测序数据比对结果来做测试！
samtools rmdup -s tmp.sorted.bam tmp.rmdup.bam
[bam_rmdupse_core] 25 / 53 = 0.4717 in library
我们的测试数据里面有53条records根据软件算出了25条reads都是PCR的duplicate，所以去除了！
七
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GATK使用注意事项
GATK这个软件在做snp-calling的时候使用率非常高，因为之前一直是简单粗略的看看snp情况而已，所以没有具体研究它。
这些天做一些外显子项目以找snp为重点，所以想了想还是用起它，报错非常多，调试了好久才成功。
所以记录一些注意事项!
GATK软件本身是受版权保护的，所以需要申请才能下载使用，大家自己去broad institute申请即可。
下载软件就可以直接使用，java软件不需要安装，但是需要你的机器上面有java，当然软件只是个开始，重点是你还得下载很多配套数据，https://software.broadinstitute.org/gatk/download/bundle（ps:这个链接可能会失效，下面的文件，请自己谷歌找到地址哈。），而且这个时候要明确你的参考基因组版本了！！！ b36/b37/hg18/hg19/hg38，记住b37和hg19并不是完全一样的，有些微区别哦！！！
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