质控之前我们在直播八的时候分析过，公司也给了我质控后的的数据，但是毕竟是别人做的，我们做为一个数据分析师，自己动手来验证一下公司给出的报告也是再好不过的了。大家可以跟着我先将下载数据进行一下质控。 Continue reading
十二
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Tag Archives: QC
十
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用sickle软件来对双端测序数据过滤低质量reads
一般来讲，我们对测序数据进行QC，就三个大的方向：Quality trimming， Adapter removal， Contaminant filtering，当我们是双端测序数据的时候，去除低质量的reads就容易导致左右两端测序文件不平衡，有一个比较好的软件能解决这个问题，而且软件使用非常简单！ Continue reading
十一
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WES（一）测序质量控制
这一步主要看看这些外显子测序数据的测序质量如何：
三
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NGS QC Toolkit 对测序reads进行简单过滤
这个软件其实我真心不需要讲些什么了，它的官网写的太好了，简直就是软件说明书的典范
http://www.nipgr.res.in/ngsqctoolkit.html
它列出了它的几个功能模块，还给出了下载地址，还给出了说明文档，下载压缩包，解压即可使用啦
更重要的是给出了测试数据和测试的结果，而且还专门测试了不同测序平台及不同的测序策略的使用说明
里面就是一些perl测序，其实自己都可以写的，分成了四大类。
其中统计的那个平均测序质量，我在前面仿写fastqc就写过，至于那个统计N50，更是生信常用的脚本。
但是大家可以看看这个perl程序来学perl语言，蛮不错的这些程序，都写的很标准。
比如那个TrimmingReads.pl
可以根据四个参数来选择性的对我们的原始reads进行过滤，当然很多其它的程序也有类似的功能，它的参数分别是铲掉5端的几个碱基或者3端的，或者根据测序质量来切除碱基，或者根据reads长度来取舍，都是挺实用的功能。但是我一般用LengthSort和DynamicTrim那两个程序，原因很简单，我老师是这样用的，所以我习惯了，哈哈