看了illumina的测序仪市场份额的确很夸张，像我这样在生信数据分析领域身经百战的老鸟，都是直到今天才碰到color space的测序数据。测序平台是AB 5500xl Genetic Analyzer，就是传说中的solid格式。主要是我在学习一篇关于tp53转录因子结合能力的文章的时候碰到的 ，我查看了下载的数据虽然还是fastq格式，但很诡异，我完全不认识里面的序列。这里总结一下，下面是我的学习过程及思路，有点乱，大家随便看看！
首先：测序仪给的数据应该是 (.csfasta & .qual) 这两个后缀名的文件
然后，可以用脚本把数据转为csfastq格式， 与普通fastq数据格式是没有区别，但是里面包含的不是序列，是color的编码。
其次，color space不允许转为base space数据！！！
最后，之所以转为csfastq格式，是为了适应很多软件，fastqc,cutadap，SHRiMP，sequel和BFAST ，bowtie等等