针对高通量测序数据，包括WGS，WES
我这里主要讲根据bam文件里面的chrX和chrY的reas比例来判断性别，大家可以自己处理数据得到bam文件！
主要是读取bam文件，选择chrX上面的记录，统计genotype即可：
也可以统计测序深度，samtools depth $i |grep 'chr[XY]'
如果chrX和chrY的reads比例超过一定值，比如50倍，就判定为女性！
脚本很简单，就统计bam文件的第三列就可以啦，第三列就是染色体信息
samtools view $i | perl -alne '{$h{$F[2]}++}END{print "$_\t$h{$_}" foreach sort keys %h}' >$out.chromosome.stat
对于Sample3，
chrX 1233061
chrY 140506
对于Sample4，很明显，这个是女性！
chrX 2734815
chrY 51860
对于Sample5
chrX 1329302
chrY 156663