Tag Archives: StringTie

十一 25

hisat2+stringtie+ballgown

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早在去年九月，我就写个博文说 RNA-seq流程需要进化啦！ http://www.bio-info-trainee.com/1022.html  ，主要就是进化成hisat2+stringtie+ballgown的流程，但是我一直没有系统性的讲这个流程，因为我觉真心木有用。我只用了里面的hisat来做比对而已！但是群里的小伙伴问得特别多，我还是勉为其难的写一个教程吧，你们之间拷贝我的代码就可以安装这些软件的！然后自己找一个测试数据，我的脚本很容易用的！ Continue reading →

七 08

自学lncRNA-seq数据分析第一讲~学习大纲

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lncRNA分析跟常见的mRNA-seq分析重合度很高，无非也是把测序的fastq文件mapping到参加基因组，获取转录本信息，转录本表达定量，表达量的差异分析，比较新的分析就是把转录本分成了lncRNA和mRNA，这样可以考虑它们之间的互相作用，也可以在实验设计的时候加入miRNA和CHIP-seq，这样多种数据结合分析，显得更高大上一点，也能更好的刻画机体状态，从而回答生物学假设，我这里先列出我的自学大纲，如果有朋友想跟着我学习，可以发email给我，我的邮箱是jmzeng1314，是163邮箱，发信给我前，先看如果你希望我回答你的问题 这篇文章：

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